Web of Science: 4 citations, Scopus: 3 citations, Google Scholar: citations,
Transcriptome innovations in primates revealed by single-molecule long-read sequencing
Ferrández-Peral, Luis (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Zhan, Xiaoyu (BGI-Shenzhen)
Alvarez-Estape, Marina (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Chiva, Cristina (Centre de Regulació Genòmica)
Esteller-Cucala, Paula (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
García Perez, Raquel (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Julià, Eva (Centre de Regulació Genòmica)
Lizano, Esther (Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont)
Fornas, Òscar (Centre de Regulació Genòmica)
Sabidó, Eduard (Centre de Regulació Genòmica)
Li, Qiye (BGI-Shenzhen)
Marques-Bonet, Tomas 1975- (Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont)
Juan, David (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Zhang, Guojie

Date: 2022
Abstract: Transcriptomic diversity greatly contributes to the fundamentals of disease, lineage-specific biology, and environmental adaptation. However, much of the actual isoform repertoire contributing to shaping primate evolution remains unknown. Here, we combined deep long- and short-read sequencing complemented with mass spectrometry proteomics in a panel of lymphoblastoid cell lines (LCLs) from human, three other great apes, and rhesus macaque, producing the largest full-length isoform catalog in primates to date. Around half of the captured isoforms are not annotated in their reference genomes, significantly expanding the gene models in primates. Furthermore, our comparative analyses unveil hundreds of transcriptomic innovations and isoform usage changes related to immune function and immunological disorders. The confluence of these evolutionary innovations with signals of positive selection and their limited impact in the proteome points to changes in alternative splicing in genes involved in immune response as an important target of recent regulatory divergence in primates.
Grants: European Commission 864203
Agencia Estatal de Investigación CEX2018-000792-M
Ministerio de Economía y Competitividad BFU2017-86471-P
Instituto de Salud Carlos III PT17/0019
Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-595
Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-880
Rights: Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original. Creative Commons
Language: Anglès
Document: Article ; recerca ; Versió publicada
Published in: Genome research, Published in Advance July 15, 2022, ISSN 1549-5469

DOI: 10.1101/gr.276395.121
PMID: 35840341


16 p, 5.0 MB

Supplemental materials
56 p, 3.9 MB

The record appears in these collections:
Research literature > UAB research groups literature > Research Centres and Groups (research output) > Experimental sciences > Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont (ICP)
Articles > Research articles
Articles > Published articles

 Record created 2022-09-26, last modified 2023-10-02



   Favorit i Compartir