Cloud-Coffee : implementation of a parallel consistency-based multiple alignment algorithm in the T-Coffee package and its benchmarking on the Amazon Elastic-Cloud
Di Tommaso, Paolo (Centre de Regulació Genòmica)
Orobitg, Miquel (Universitat de Lleida. Departament d'Informàtica i Enginyeria Industrial)
Guirado, Fernando (Universitat de Lleida. Departament d'Informàtica i Enginyeria Industrial)
Cores, Fernando (Universitat de Lleida. Departament d'Informàtica i Enginyeria Industrial)
Espinosa, Antonio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
Notredame, Cedric (Centre de Regulació Genòmica)

Date:	2010
Abstract:	We present the first parallel implementation of the T-Coffee consistency-based multiple aligner. We benchmark it on the Amazon Elastic Cloud (EC2) and show that the parallelization procedure is reasonably effective. We also conclude that for a web server with moderate usage (10K hits/month) the cloud provides a cost-effective alternative to in-house deployment.
Grants:	Ministerio de Ciencia e Innovación BFU2008-00419 Ministerio de Ciencia e Innovación TIN2008-05913 Ministerio de Educación y Ciencia CSD2007-00050
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original.
Language:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Published in:	Bioinformatics, Vol. 26, Issue 15 (August 2010) , p. 1903-1904, ISSN 1367-4811

DOI: 10.1093/bioinformatics/btq304
PMID: 20605929

2 p, 99.7 KB

The record appears in these collections:
Articles > Research articles
Articles > Published articles