L'Autònoma té dotze facultats i una escola universitària. A més, té nou escoles universitàries adscrites i quatre centres vinculats que depenen d'altres institucions.

Escola d'Enginyeria
Facultat d'Economia i Empresa
Facultat de Biociències
Facultat de Ciències
Facultat de Ciències de l'Educació
Facultat de Ciències de la Comunicació
Facultat de Ciències Polítiques i de Sociologia
Facultat de Dret
Facultat de Filosofia i Lletres
Facultat de Medicina
Facultat de Psicologia
Facultat de Traducció i d'Interpretació
Facultat de Veterinària
Escola de Prevenció i Seguretat Integral
Escola Superior d'Arxivística i Gestió de Documents
Escola Universitària de Turisme i Direcció Hotelera