La descoberta de nous fàrmacs es basa tot sovint en la similitud de certs paràmetres moleculars amb els d’altres productes ja existents i/o amb la comparació d’aquests paràmetres amb els de la proteïna amb què s’ha d’interaccionar. Clàssicament, quan se sospitava que una certa molècula podia tenir bones propietats medicinals, calia començar per trobar-ne una via de síntesi, la qual cosa pot revestir molta dificultat.
Avui en dia el que es fa és calcular la molècula abans de sintetizarla, estalviant així esforços inútils. Aquests càlculs es basen en certes aproximacions numèriques de les equacions de la mecànica quàntica, i poden requerir molta potència de càlcul.
