La primera seu de la Facultat de Medicina va ser, el curs 1968-1969, l'Hospital de la Santa Creu i Sant Pau on s'impartia la totalitat de la Llicenciatura de Medicina. El curs 1970-1971 van començar les classes de primer i segon al campus de Bellaterra, a les aules de la Facultat de Ciències. El curs 1973-1974, el Deganat i la Secretaria de la Facultat es van instal·ar definitivament a Bellaterra, en un edifici propi de la Facultat. El curs 1971-1972, l'Hospital de la Vall d'Hebron va rebre alumnes de tercer curs per primera vegada i el curs 1973-1974 es va incorporar a la docència l'Hospital del Mar, que va rebre alumnes a partir de quart curs.

Durant el curs 1983-1984 l'Hospital Germans Trias i Pujol de Badalona va començar a impartir la docència d'una part del tercer curs, fins a la incorporació de tot el currículum clínic durant el curs 1987-1988, com a Hospital Universitari dins la Unitat Docent de l'Institut Català de la Salut (ICS).

El curs 2006-2007, la Facultat de Medicina va gestionar els estudiants dels màsters dels programes oficials de postgrau, concretament, de la branca de Ciències de la Salut, el màster Erasmus Mundus Salut i Benestar Comunitari i el màster propi equivalent. D'altra banda, va ser el centre cotitular dels màsters interuniversitaris Atenció Integral al Malat Crític, amb la Universitat de Barcelona, i Salut Pública amb la Universitat Pompeu Fabra.

El curs 2008-2009 es va començar a impartir docència de la Llicenciatura de Medicina a partir de tercer curs a l'Hospital Parc Taulí de Sabadell, en espera de signar el conveni corresponent per a constituir la Unitat Docent Hospitalària de la Corporació Sanitària Parc Taulí. Amb data 27/04/2010 el Consell Social de la UAB aprova el conveni entre la UAB i el Consorci Corporació Sanitària Parc Taulí de Sabadell així com la creació de la Unitat Docent de la Corporació Sanitària Parc Taulí.

El 2008-2009, es va posar en marxa el grau de Medicina, compartit amb la Universitat Pompeu Fabra, que es va impartir a les dependències annexes a l'Hospital del Mar.

El curs 2009-2010, la Facultat de Medicina es va convertir en la primera facultat de l'Estat espanyol en impartir conjuntament docència als futurs professionals de la infermeria i la medicina i el curs 2010-2011 es va ampliar l'oferta docent amb 80 nous alumnes de la primera promoció del grau de Fisioteràpia.

El curs 2009-2010 a l'Hospital del Mar es va inaugurar un edifici docent interuniversitari compartit per tres institucions: l'nstitut Municipal Investigació Mèdica (IMIM), la Universitat Pompeu Fabra i la Unitat Docent de l'Hospital del Mar de la nostra Facultat.