Efficient storage of microCT data preserving bone morphometry assessment
Bartrina Rapesta, Joan (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Enginyeria de la Informació i de les Comunicacions)
Aulí Llinàs, Francesc (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Enginyeria de la Informació i de les Comunicacions)
Blanes Garcia, Ian (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Enginyeria de la Informació i de les Comunicacions)
Marcellin, Michael W. (University of Arizona. Department of Electrical and Computer Engineering)
Sánchez, Víctor (University of Warwick. Department of Computer Science)
Serra Sagristà, Joan (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Enginyeria de la Informació i de les Comunicacions)

Date:	2015
Abstract:	Preclinical micro-computed tomography (microCT) images are of utility for 3D morphological bone evaluation, which is of great interest in cancer detection and treatment development. This work introduces a compression strategy for microCTs that allocates specific substances in different Volumes of Interest (VoIs). The allocation procedure is conducted by the Hounsfield scale. The VoIs are coded independently and then grouped in a single DICOM-compliant file. The proposed method permits the use of different codecs, identifies and transmit data corresponding to a particular substance in the compressed domain without decoding the volume(s), and allows the computation of the 3D morphometry without needing to store or transmit the whole image. The proposed approach reduces the transmitted data in more than 90% when the 3D morphometry evaluation is performed in high density and low density bone. This work can be easily extended to other imaging modalities and applications that work with the Hounsfield scale.
Grants:	Ministerio de Economía y Competitividad TIN2012-38102-C03-03 Ministerio de Economía y Competitividad RYC-2010-05671 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2014-SGR-691
Note:	Available online 15 July 2015
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial i la comunicació pública de l'obra, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original. No es permet la creació d'obres derivades.
Language:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió sotmesa a revisió
Subject:	Tomography ; Micro-CT ; 3D morphometry ; Medical image compression ; DICOM
Published in:	Computers and electrical engineering, Juliol 2015, ISSN 0045-7906

DOI: 10.1016/j.compeleceng.2015.06.020

Pre-print 21 p, 2.1 MB

The record appears in these collections:
Research literature > UAB research groups literature > Research Centres and Groups (research output) > Engineering > Group on Interactive Coding of Images (GICI)
Articles > Research articles
Articles > Published articles