Standard and specific compression techniques for DNA microarray images
Hernández Cabronero, Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Enginyeria de la Informació i de les Comunicacions)
Blanes Garcia, Ian (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Enginyeria de la Informació i de les Comunicacions)
Marcellin, Michael W. (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Enginyeria de la Informació i de les Comunicacions)
Serra Sagristà, Joan (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Enginyeria de la Informació i de les Comunicacions)

Date:	2012
Abstract:	We review the state of the art in DNA microarray image compression and provide original comparisons between standard and microarray-specific compression techniques that validate and expand previous work. First, we describe the most relevant approaches published in the literature and classify them according to the stage of the typical image compression process where each approach makes its contribution, and then we summarize the compression results reported for these microarray-specific image compression schemes. In a set of experiments conducted for this paper, we obtain new results for several popular image coding techniques that include the most recent coding standards. Prediction-based schemes CALIC and JPEG-LS are the best-performing standard compressors, but are improved upon by the best microarray-specific technique, Battiato's CNN-based scheme.
Grants:	European Commission 250420 Ministerio de Ciencia e Innovación TIN-2009-14426-C02-01 Ministerio de Educación y Ciencia FPU/AP2010-0172 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2009/SGR-1224
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Language:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Subject:	Microarray images ; Microarray image compression ; Image coding standards ; JPEG2000
Published in:	Algorithms, Vol. 5 (2012) , p. 30-49, ISSN 1999-4893

DOI: 10.3390/a5010030

20 p, 635.2 KB

The record appears in these collections:
Research literature > UAB research groups literature > Research Centres and Groups (research output) > Engineering > Group on Interactive Coding of Images (GICI)
Articles > Research articles
Articles > Published articles