Web of Science: 3 citas, Scopus: 3 citas, Google Scholar: citas,
An improved assembly and annotation of the melon (Cucumis melo L.) reference genome
Ruggieri, Valentino (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Alexiou, Konstantinos G. (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries)
Morata, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Argyris, Jason (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Pujol, Maria (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries)
Yano, Ryoichi (University of Tsukuba. Faculty of Life and Environmental Sciences)
Nonaka, Satoko (University of Tsukuba. Faculty of Life and Environmental Sciences)
Ezura, Hiroshi (University of Tsukuba. Faculty of Life and Environmental Sciences)
Latrasse, David (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2))
Boualem, Adnane (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2))
Benhamed, Moussa (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2))
Bendahmane, Abdelhafid (University of Evry. Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2))
Cigliano, Riccardo Aiese (Sequentia Biotech SL)
Sanseverino, Walter (Sequentia Biotech SL)
Puigdomènech, Pere, 1948- (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Casacuberta i Suñer, Josep M. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Garcia Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica)

Fecha: 2018
Resumen: We report an improved assembly (v3. 6. 1) of the melon (Cucumis melo L. ) genome and a new genome annotation (v4. 0). The optical mapping approach allowed correcting the order and the orientation of 21 previous scaffolds and permitted to correctly define the gap-size extension along the 12 pseudomolecules. A new comprehensive annotation was also built in order to update the previous annotation v3. 5. 1, released more than six years ago. Using an integrative annotation pipeline, based on exhaustive RNA-Seq collections and ad-hoc transposable element annotation, we identified 29,980 protein-coding loci. Compared to the previous version, the v4. 0 annotation improved gene models in terms of completeness of gene structure, UTR regions definition, intron-exon junctions and reduction of fragmented genes. More than 8,000 new genes were identified, one third of them being well supported by RNA-Seq data. To make all the new resources easily exploitable and completely available for the scientific community, a redesigned Melonomics genomic platform was released at http://melonomics. net. The resources produced in this work considerably increase the reliability of the melon genome assembly and resolution of the gene models paving the way for further studies in melon and related species.
Nota: Número d'acord de subvenció MINECO/AGL2015-64625-C2-1-R
Nota: Número d'acord de subvenció MINECO/SEV-2015-0533
Nota: Número d'acord de subvenció EC/H2020/6655919
Derechos: Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original. Creative Commons
Lengua: Anglès.
Documento: article ; recerca ; publishedVersion
Publicado en: Scientific Reports, Vol. 8 (May 2018) , art. 8088, ISSN 2045-2322

DOI: 10.1038/s41598-018-26416-2
PMID: 29795526


9 p, 1.8 MB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias > CRAG (Centro de Investigación en Agrigenómica)
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados

 Registro creado el 2018-12-21, última modificación el 2019-02-15



   Favorit i Compartir