RNA-seq based detection of differentially expressed genes in the skeletal muscle of Duroc pigs with distinct lipid profiles
Cardoso, Tainã Figueiredo (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Cánovas, Angela (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Canela-Xandri, Oriol (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries)
González Prendes, Rayner (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Amills i Eras, Marcel (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Quintanilla, Raquel (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries)

Fecha:	2017
Resumen:	We have used a RNA-seq approach to investigate differential expression in the skeletal muscle of swine (N=52) with divergent lipid profiles i. e. HIGH (increased intramuscular fat and muscle saturated and monounsaturated fatty acid contents, higher serum lipid concentrations and fatness) and LOW pigs (leaner and with an increased muscle polyunsaturated fatty acid content). The number of mRNAs and non-coding RNAs (ncRNAs) expressed in the porcine gluteus medius muscle were 18,104 and 1,558, respectively. At the nominal level of significance (P-value≤0. 05), we detected 1,430 mRNA and 12 non-coding RNA (ncRNA) transcripts as differentially expressed (DE) in the gluteus medius muscle of HIGH vs LOW pigs. This smaller contribution of ncRNAs to differential expression may have biological and technical reasons. We performed a second analysis, that was more stringent (P-value≤0. 01 and fold-change≥ 1. 5), and only 96 and 0 mRNA-and ncRNA-encoding genes happened to be DE, respectively. The subset of DE mRNA genes was enriched in pathways related with lipid (lipogenesis and triacylglycerol degradation) and glucose metabolism. Moreover, HIGH pigs showed a more lipogenic profile than their LOW counterparts.
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicado en:	Scientific reports, Vol. 7 (2017) , art. 40005, ISSN 2045-2322

DOI: 10.1038/srep40005
PMID: 28195222

9 p, 732.7 KB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias > CRAG (Centro de Investigación en Agrigenómica)
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados