Pseudomonas fitomaticsae sp. nov., isolated at Marimurtra Botanical Garden in Blanes, Catalonia, Spain
Atanasov, Kostadin E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Miñana-Galbis, David (Universitat de Barcelona. Departament de Biologia, Sanitat i Medi Ambient)
Cornadó, Deborah (Leitat Technological Center (Terrassa))
Serpico, Annabel (Leitat Technological Center (Terrassa))
Sánchez, Guiomar (Leitat Technological Center (Terrassa))
Bosch, Montserrat (Leitat Technological Center (Terrassa))
Ferrer, Albert (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Altabella Artigas, Teresa (Centre de Recerca en Agrigenòmica)

Fecha:	2022
Resumen:	In the framework of the research project called fitomatics, we have isolated and characterized a bacterial plant-endophyte from the rhizomes of Iris germanica, hereafter referred to as strain FIT81. The bacterium is Gram negative, rod-shaped with lophotrichous flagella, and catalase-and oxidase-positive. The optimal growth temperature of strain FIT81 is 28 °C, although it can grow within a temperature range of 4-32 °C. The pH growth tolerance ranges between pH 5 and 10, and it tolerates 4% (w/v) NaCl. A 16S rRNA phylogenetic analysis positioned strain FIT81 within the genus Pseudomonas, and multilocus sequence analysis revealed that Pseudomonas gozinkensis IzPS32d, Pseudomonas glycinae MS586, Pseudomonas allokribbensis IzPS23, 'Pseudomonas kribbensis' 46-2 and Pseudomonas koreensis PS9-14 are the top five most closely related species, which were selected for further genome-to-genome comparisons, as well as for physiological and chemotaxonomic characterization. The genome size of strain FIT81 is 6 492 796 base-pairs long, with 60. 6 mol% of G+C content. Average nucleotide identity and digital DNA-DNA hybridization analyses yielded values of 93. 6 and 56. 1%, respectively, when the FIT81 genome was compared to that of the closest type strain P. gozinkensis IzPS32d. Taken together, the obtained genomic, physiologic and chemotaxonomic data indicate that strain FIT81 is different from its closest relative species, which lead us to suggest that it is a novel species to be included in the list of type strains with the name Pseudomonas fitomaticsae sp. nov. (FIT81=CECT 30374=DSM 112699).
Ayudas:	Ministerio de Ciencia e Innovación RTC-2017-6431 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-710 Ministerio de Economía y Competitividad SEV-2015-0533 Ministerio de Economía y Competitividad CEX2019-000902-S
Nota:	Altres ajuts: CERCA Programme/Generalitat de Catalunya
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió acceptada per publicar
Materia:	Genome assembly ; Genome-to-genome comparison ; Multilocus sequence analysis ; Pseudomonas fitomaticsae FIT81T
Publicado en:	International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Vol. 72, Issue 10 (October 2022) , art. 5557, ISSN 1466-5034

DOI: 10.1099/IJSEM.0.005557

Postprint 50 p, 7.5 MB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias > CRAG (Centro de Investigación en Agrigenómica)
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados