npstat : An Efficient Tool to Explore the Population Genome Variability and Divergence Using Pool Sequencing Data
Ramos Onsins, Sebastián Ernesto (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Guirao-Rico, Sara (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística)
Hafez, Ahmed (Parque Tecnológico de Paterna. Biotechvana)
Ferretti, Luca (University of Oxford. Nuffield Department for Medicine)

Publicación:	New York : Humana, 2025
Resumen:	Pool sequencing has emerged as a valuable approach in ecological studies, particularly when dealing with very small organisms (with limited amount of DNA available), when distinguishing individual organisms is a challenge (e. g. , in colonies, microbiome), when there is a trade-off between the sequencing cost and the number of individuals to sequence, when the main goal is to estimate nucleotide variability and variant frequency patterns at the population level (that is, when individual information is not required). Estimates of variability can be efficiently explored by analyzing sequences of pooled individuals sampled from the population. When using this approach, the number of pooled individuals and the mean read depth are key choices in the experimental design. The software npstat calculates different estimates of nucleotide variability and neutrality tests. It also calculates the number of synonymous and nonsynonymous variants and the proportion of beneficial substitutions (alpha) using the MKT approach when GTF annotation file and an outgroup is provided.
Derechos:	Aquest material està protegit per drets d'autor i/o drets afins. Podeu utilitzar aquest material en funció del que permet la legislació de drets d'autor i drets afins d'aplicació al vostre cas. Per a d'altres usos heu d'obtenir permís del(s) titular(s) de drets.
Lengua:	Anglès
Colección:	Methods in Molecular Biology ; 2935
Documento:	Capítol de llibre ; recerca ; Versió acceptada per publicar
Materia:	Polymorphism ; Divergence ; Population genomics ; Proportion of beneficial substitutions ; Sliding window analyses
Publicado en:	Insect Genomics. Methods and Protocols, 2025, p. 51-66, ISBN 978-1-0716-4583-3

DOI: 10.1007/978-1-0716-4583-3_3

Disponible a partir de: 2026-08-31 Postprint 23 p, 932.4 KB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias > CRAG (Centro de Investigación en Agrigenómica)
Libros y colecciones > Capítulos de libros