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15 p, 1.2 MB Core/Whole Genome Multilocus Sequence Typing and Core Genome SNP-Based Typing of OXA-48-Producing Klebsiella pneumoniae Clinical Isolates From Spain / Miró, Elisenda (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau) ; Rossen, John W.A. (ESCMID Study Group for Genomic and Molecular Diagnostics (ESGMD)) ; Chlebowicz, Monika A. (University of Groningen) ; Harmsen, Dag (University of Münster) ; Brisse, Sylvain (Institut Pasteur) ; Passet, Virginie (Institut Pasteur) ; Navarro Risueño, Ferran (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau) ; Friedrich, Alex W. (University of Groningen) ; García-Cobos, S. (Instituto de Salud Carlos III) ; Universitat Autònoma de Barcelona
Whole-genome sequencing (WGS)-based typing methods have emerged as promising and highly discriminative epidemiological tools. In this study, we combined gene-by-gene allele calling and core genome single nucleotide polymorphism (cgSNP) approaches to investigate the genetic relatedness of a well-characterized collection of OXA-48-producing Klebsiella pneumoniae isolates. [...]
2020 - 10.3389/fmicb.2019.02961
Frontiers in microbiology, Vol. 10 (31 2020) , p. 2961  
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