DnaSP 6 : DNA sequence polymorphism analysis of large data sets
Rozas, Julio (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística)
Ferrer-Mata, Albert (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística)
Sánchez-DelBarrio, Juan Carlos (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística)
Guirao-Rico, Sara (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Librado, Pablo (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística)
Ramos-Onsins, Sebastian (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Sánchez-Gracia, Alejandro (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística)

Date:	2017
Abstract:	We present version 6 of the DnaSP (DNA Sequence Polymorphism) software, a new version of the popular tool for performing exhaustive population genetic analyses on multiple sequence alignments. This major upgrade incorporates novel functionalities to analyse large datasets, such as those generated by high-throughput sequencing (HTS) technologies. Among other features, DnaSP 6 implements: i) modules for reading and analysing data from genomic partitioning methods, such as RADseq or hybrid enrichment approaches, ii) faster methods scalable for HTS data, and iii) summary statistics for the analysis of multi-locus population genetics data. Furthermore, DnaSP 6 includes novel modules to perform single- and multi-locus coalescent simulations under a wide range of demographic scenarios. The DnaSP 6 program, with extensive documentation, is freely available at http://www. ub. edu/dnasp.
Grants:	Ministerio de Economía y Competitividad AGL2016-78709-R Ministerio de Economía y Competitividad CGL2016-75255 Ministerio de Economía y Competitividad CGL2013-45211 Ministerio de Economía y Competitividad AGL2013-41834-R Ministerio de Economía y Competitividad BFU2010-15484 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2009/SGR-1287 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2014/SGR-1055 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2014/BP-B 00027
Rights:	Tots els drets reservats.
Language:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió acceptada per publicar
Subject:	Coalescent Simulations ; Population Genetics Software ; RADseq Analysis ; SNPs ; VCF
Published in:	Molecular biology and evolution, Vol. 34, issue 12 (Dec. 2017) p. 3299-3302, ISSN 1537-1719

DOI: 10.1093/molbev/msx248

Post-print 17 p, 500.1 KB

The record appears in these collections:
Research literature > UAB research groups literature > Research Centres and Groups (research output) > Experimental sciences > CRAG (Centre for Research in Agricultural Genomics)
Articles > Research articles
Articles > Published articles