Reliable resolution of ambiguous hepatitis C virus genotype 1 results with the Abbott HCV Genotype Plus RUO assay
Saludes, Verónica (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Antuori Torres, Adrián (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Reinhardt, B. (Abbott GmbH & Co. KG)
Viciana, I. (Hospital Universitario Virgen de la Victoria (Màlaga, Andalusia))
Clavijo, E. (Hospital Universitario Virgen de la Victoria (Màlaga, Andalusia))
Schreiber, L. (Maccabi Mega-Lab)
Tenenbaum, M. (Maccabi Mega-Lab)
Rodríguez Frías, Francisco (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
Quer, Josep 1963- (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
Matas, L. (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Martró, Elisa (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Universitat Autònoma de Barcelona

Fecha:	2019
Resumen:	Accurate subtyping of hepatitis C virus genotype 1 (HCV-1) remains clinically and epidemiologically relevant. The Abbott HCV Genotype Plus RUO (GT Plus) assay, targeting the core region, was evaluated as a reflex test to resolve ambiguous HCV-1 results in a challenging sample collection. 198 HCV-1 specimens were analysed with GT Plus (38 specimens with and 160 without subtype assigned by the Abbott RealTime Genotype II (GT II) assay targeting the 5'NC and NS5B regions). Sanger sequencing of the core and/or NS5B regions were performed in 127 specimens without subtype assignment by GT II, with "not detected" results by GT Plus, or with mixed genotypes/subtypes. The remaining GT Plus results were compared to LiPA 2. 0 (n = 45) or just to GT II results if concordant (n = 26). GT Plus successfully assigned the subtype in 142/160 (88. 8%) samples. "Not detected" results indicated other HCV-1 subtypes/genotypes or mismatches in the core region in subtype 1b. The subtyping concordance between GT Plus and either sequencing or LiPA was 98. 6% (140/142). Therefore, combined use of GT II and GT Plus assays represents a reliable and simple approach which considerably reduced the number of ambiguous HCV-1 results and enabled a successful subtyping of 98. 9% of all HCV-1 samples.
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicado en:	Scientific reports, Vol. 9 Núm. 1 (january 2019) , p. 3678, ISSN 2045-2322

DOI: 10.1038/s41598-019-40099-3
PMID: 30842623

10 p, 1.4 MB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias de la salud y biociencias > Institut d'Investigació en Ciencies de la Salut Germans Trias i Pujol (IGTP)
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados