Systematic Collaborative Reanalysis of Genomic Data Improves Diagnostic Yield in Neurologic Rare Diseases
Bullich Vilanova, Gemma (Centre de Regulació Genòmica)
Matalonga, Leslie (Centro Nacional Análisis Genómico (CNAG)-Centre for Genomic Regulation (CRG). The Barcelona Institute of Science and Technology)
Pujadas, Montserrat (Universitat Pompeu Fabra)
Papakonstantinou, Anastasios (Centro Nacional Análisis Genómico (CNAG)-Centre for Genomic Regulation (CRG). The Barcelona Institute of Science and Technology)
Piscia, Davide (Centro Nacional Análisis Genómico (CNAG)-Centre for Genomic Regulation (CRG). The Barcelona Institute of Science and Technology)
Tonda, Raúl (Centre de Regulació Genòmica)
Artuch, R (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Raras)
Gallano, Pia (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Garrabou, Glòria (Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer)
González, Juan Ramón (Centro de Investigaciones Biomédicas en Red de Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP). Instituto de Salud Carlos III)
Grinberg, Daniel (Institut de Recerca Sant Joan de Déu)
Guitart, Míriam (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT))
Laurie, Steven (Centre de Regulació Genòmica)
Lázaro, Conxi (Centro de Investigación Biomédica en Red de Cáncer)
Luengo, Cristina (Centre de Regulació Genòmica)
Martí, Ramon A (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
Milà, Montserrat (Institut d'Investigació Biomèdica August Pi I Sunyer (IDIBAPS))
Ovelleiro, David (Centre de Regulació Genòmica)
Parra, Genís (Centre de Regulació Genòmica)
Pujol, Aurora 1968- (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge)
Tizzano, Eduardo (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
Macaya Ruiz, Alfons (Hospital Universitari Vall d'Hebron. Institut de Recerca)
Palau, Francesc (Hospital Clínic i Provincial de Barcelona)
Ribes, Antònia (Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer)
Pérez-Jurado, Luis A. (Women's and Children's Hospital. South Australian Health and Medical Research Institute and The University of Adelaide)
Beltran i Agulló, Sergi (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística)
Schlüter, Agatha (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Rodriguez-Palmero, Agustí (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Cáceres, Alejandro (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Nascimento, Andrés (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
García-Cazorla, Àngels (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Cueto-González, Anna Mª (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Marcé-Grau, Anna (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Ruiz Nel Lo, Anna (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Martínez-Monseny, Antonio (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Sànchez, Aurora (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
García, Belén (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Pérez-Dueñas, Belén (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Gel, Bernat (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Fusté, Berta (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Hernández-Ferrer, Carles (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Casasnovas, Carlos (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Ortez González, Carlos Ignacio (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Arjona, César (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Hernando-Davalillo, Cristina (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Natera de Benito, Daniel (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Picó Amador, Daniel (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Gómez-Andrés, David (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Yubero, Délia (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Pelegrí-Sisó, Dolors (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Verdura, Edgard (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
García-Arumí, Elena (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Castellanos, Elisabeth (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Gabau, Elisabeth (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Tobías, Ester (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
López-Grondona, Fermina (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Cardellach, Francesc (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Garcia-Garcia, Francesc Josep (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Munell, Francina (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Tort, Frederic (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Aznar, Gemma (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Olivé-Cirera, Gemma (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Tell-Martí, Gemma (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Muñoz-Pujol, Gerard (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Paramonov, Ida (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Blanco Guillermo, Ignacio (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Madrigal, Irene (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Valenzuela, Irene (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Gut, Ivo (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica)
Cusco, Ivon (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Trotta, Jean-Rémi (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Cruz, Jordi (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Diaz-Manera, Jordi (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Milisenda, José César (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Ma Grau, Josep (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Garcia-Villoria, Judit (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Armstrong, Judith (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Cantó, Judith (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Sala-Coromina, Júlia (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Rodríguez-Revenga, Laia (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Alías, Laura (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Gort, Laura (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Gonzalez-Quereda, L (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Costa, Mar (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Fernández-Callejo, Marcos (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
López-Sánchez, Marcos (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Álvarez-Mora, Maria Isabel (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Gut, Marta (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Serrano, Mercedes (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Raspall-Chaure, Miquel (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Del Toro, Mireia (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Bayés, Mònica (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Baena Díez, Neus (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Spataro, Nino (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Capdevila, Núria (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Ugarteburu, Olatz (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Muñoz-Cabello, Patricia (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Romero Duque, Penélope (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Rabionet, Raquel (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Rojas-Garcia, Ricard (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Calvo-Escalona, Rosa (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Urreizti, Roser (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Bernal, Sara (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Boronat, Susanna (Institut d'Investigació Biomèdica Sant Pau)
Balcells, Susana (Centre nacional d'anàlisi genòmica)
Vendrell, Teresa (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica (Catalunya). Undiagnosed Rare Disease Program of Catalonia-URD-Cat)
Universitat Autònoma de Barcelona

Fecha:	2022
Resumen:	Many patients experiencing a rare disease remain undiagnosed even after genomic testing. Reanalysis of existing genomic data has shown to increase diagnostic yield, although there are few systematic and comprehensive reanalysis efforts that enable collaborative interpretation and future reinterpretation. The Undiagnosed Rare Disease Program of Catalonia project collated previously inconclusive good quality genomic data (panels, exomes, and genomes) and standardized phenotypic profiles from 323 families (543 individuals) with a neurologic rare disease. The data were reanalyzed systematically to identify relatedness, runs of homozygosity, consanguinity, single-nucleotide variants, insertions and deletions, and copy number variants. Data were shared and collaboratively interpreted within the consortium through a customized Genome-Phenome Analysis Platform, which also enables future data reinterpretation. Reanalysis of existing genomic data provided a diagnosis for 20. 7% of the patients, including 1. 8% diagnosed after the generation of additional genomic data to identify a second pathogenic heterozygous variant. Diagnostic rate was significantly higher for family-based exome/genome reanalysis compared with singleton panels. Most new diagnoses were attributable to recent gene-disease associations (50. 8%), additional or improved bioinformatic analysis (19. 7%), and standardized phenotyping data integrated within the Undiagnosed Rare Disease Program of Catalonia Genome-Phenome Analysis Platform functionalities (18%).
Ayudas:	European Commission 305444 European Commission 779257 European Commission 825575 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca SLT002/16/00174 Instituto de Salud Carlos III PT13/0001/0044 Instituto de Salud Carlos III PT17/0009/0019 Instituto de Salud Carlos III PI16/01048 Instituto de Salud Carlos III PI19/01310 Instituto de Salud Carlos III PI18/00451 Instituto de Salud Carlos III PI18/00498 Instituto de Salud Carlos III PI21/00935 Agencia Estatal de Investigación SEV-2016-0571 Agencia Estatal de Investigación CEX 2018-000806-S
Nota:	Altres ajuts: Generalitat de Catalunya, Departament de Salut; Generalitat de Catalunya, Departament d'Empresa i Coneixement i CERCA Program; Ministerio de Ciencia e Innovación; Instituto Nacional de Bioinformática; ELIXIR Implementation Studies (CNAG-CRG); Centro de Investigaciones Biomédicas en Red de Enfermedades Raras; Centro de Excelencia Severo Ochoa; European Regional Development Fund (FEDER).
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, i la comunicació pública de l'obra, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original. No es permet la creació d'obres derivades.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió publicada
Materia:	Computational Biology ; Exome ; Genomics ; Humans ; Rare Diseases ; Whole Exome Sequencing
Publicado en:	Journal of Molecular Diagnostics, Vol. 24 Núm. 5 (may 2022) , p. 529-542, ISSN 1943-7811

DOI: 10.1016/j.jmoldx.2022.02.003
PMID: 35569879

14 p, 1.1 MB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias de la salud y biociencias > Instituto de Investigación e Innovación Parc Taulí (I3PT)
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias de la salud y biociencias > Institut de Recerca Sant Pau
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados