Los asentamientos documentados más antiguos de la isla son de origen austronesio. De ellos proviene la lengua, el sistema de cultivo del arroz, la arquitectura tradicional y los rituales de tipo dinástico. Algunos piratas y comerciantes indonesios que surcaban el Índico se instalaron en Madagascar hacia el siglo V, convirtiéndose rápidamente la isla en escala privilegiada por sus riquezas. 
Los árabes, comerciantes en su mayoría, habrían llegado a la isla dos siglos después, ocupando en un primer momento el norte y el noroeste de Madagascar. A partir del siglo IX, Madagascar recibe una importante población bantú que introduce técnicas ganaderas, mientras que los árabes traen consigo el calendario lunar, la geomancia, la astrología y el sorabe (escritura árabo-malgache). Si bien la cultura islámica no tuvo un papel tan determinante como en otras regiones de África o en Comores, la escritura sorabe proporcionó durante siglos la pauta ortográfica. Los manuscritos sagrados, llamados también sorabe por estar redactados en esta lengua, eran obra de los prestigiosos katibo, quienes conocían también el arte de la adivinación, por lo que la astrología y las cuestiones de orden mágico-religioso son temas frecuentes de los manuscritos, depositarios de la historia y de las tradiciones malgaches. Los letrados (katibo) y los adivinos-curanderos (ombiasy) de cultura árabe ocuparon un lugar preponderante en la organización social de estos grupos. Sólo una minoría de letrados dominaba el sorabe, que será utilizado por la monarquía merina durante el primer cuarto del siglo XIX en la correspondencia diplomática y comercial.
Preservado de otras influencias exteriores, el territorio malgache se distribuye en pequeños reinos que rinden culto a los soberanos, considerados como divinidades tanto en vida (fandroana, fiesta merina del baño sagrado) como después de la muerte (ritual del baño de las reliquias reales que se celebra en Menabe). La lucha por la expansión de estos reinos rivales, cuyo orden social está fuertemente jerarquizado (familia del rey, blancos libres, negros libres, esclavos), configura una isla muy fragmentada políticamente aunque posea una misma lengua a pesar de sus numerosas variantes. A partir del siglo XVI, las dinastías costeras son las primeras en comerciar con árabes y europeos, obteniendo tejidos, fusiles, monedas o utensilios metálicos a cambio de arroz, bueyes y esclavos que se destinaban a los países islamizados y a las plantaciones de las Mascareñas y de las Antillas. Con el apoyo de los antalaotse (comerciantes mestizos de swahilis, malgaches y árabes), los sakalava (habitantes de la costa oeste) imponen su dominio a partir del siglo XVII. Pero a finales del siglo XVIII, las luchas por la sucesión y la expansión del poder merina acaban con la supremacía sakalava: Andrianampoinimerina reunifica el territorio merina, dividido anteriormente en pequeños reinos y se instala en Tananarive.
El objetivo del soberano merina, como el de sus comerciantes, es extender su dominio hasta la costa con el fin de controlar el comercio y de unificar la isla. Radama I obtiene, con el apoyo británico, recursos que le permiten constituir un ejército permanente. 
Sus expediciones, así como las dirigidas por Rainiharo, primer ministro hova que lleva a Ranavalona I al trono en 1828, someten a dos tercios de la isla al poder real. Aunque la esclavitud ya ha sido oficialmente abolida, los administradores de las provincias (manamboninahitra) siguen explotando a la población. La influencia extranjera y el cristianismo son duramente combatidos y el poder real persigue a los conversos. 
Convertido ya en reino de Madagascar, el reino merina se asienta en el apoyo mutuo entre nobles (andriana) y hova llegando a darse algunas uniones entre reinas (primer grupo) y primeros ministros (segundo grupo), quienes habían venido preservando su pureza étnica mediante la endogamia. La monarquía prosigue su expansión bajo Radama II, quien emprende una campaña de europeización y muere asesinado por sus oponentes nacionalistas. Ranavalona II practica una política de occidentalización convirtiéndose al protestantismo, que es declarado religión del estado. El reino malgache proporciona mano de obra a los inversores procedentes de Europa, cuyo influjo es cada vez mayor en el modo de vida de la oligarquía, y la influencia británica aviva las ambiciones coloniales francesas. A partir de 1895 tienen lugar insurrecciones de tipo milenarista y los menalamba –literalmente, quienes visten un lamba rojo- atacan las iglesias reivindicando la religión de los antepasados y los ritos de la monarquía. Francia emprende la conquista de Madagascar y la reina Ranavalona III cae bajo el gobernador Gallieni, quien reprime violentamente a los oponentes a la colonización poniendo fin a la monarquía merina. En 1896, Madagascar pasa a ser colonia francesa.
La brutal represión orquestada por el general Gallieni, la colaboración de notables locales y la instalación de escuelas, dispensarios y mercados conducen, a pesar de la insurrección del sudeste de 1904, a declarar la “pacificación” de la isla en 1905. 
Sin embargo, la contestación del poder francés persiste a través de la resistencia pasiva o de la inseguridad permanente que reina en el sudoeste. Durante la colonización, el francés se convierte en la lengua oficial utilizada por la administración y la enseñanza, indispensable para la promoción social y profesional (1). Hacia 1915, aparece un movimiento clandestino de intelectuales sostenido por la burguesía llamado Vy Vato Sakelika (Hierro, Piedra, Ramificaciones) que revaloriza el pasado y la cultura malgaches buscando una síntesis entre tradición y modernidad y reafirmando la solidaridad entre malgaches. Aunque de carácter más cultural que político, el grupo fue duramente reprimido y condenados sus miembros al exilio o a la prisión. Como la libertad de expresión sólo se toleraba en la medida en que el prestigio de Francia no fuese puesto en entredicho, la prensa en malgache optaba por una actitud favorable a la colonización o por el silencio. En este período es frecuente que la colonización se interprete a través de la Biblia comparándose al pueblo malgache con el judío, a la vez elegido y perseguido. Después de la Primera Guerra Mundial, las élites establecen puentes entre el mundo rural y el urbano propiciando la emergencia de un nacionalismo moderno y de una prensa de opinión a la vez que los contactos entre malgaches se ven intensificados por los flujos migratorios. Desde el exterior, el malgache puede tomar conciencia de pertenecer, independientemente de su región de origen, a un mismo tanindrazana (tierra de los antepasados). 
Las resoluciones adoptadas en la Conferencia de Brazzaville (1944) no responden a las aspiraciones de los nacionalistas malgaches y en 1947 tiene lugar una insurrección que será violentamente reprimida por los franceses provocando numerosas víctimas. Incluso se prohíbe el legalista MDRM (Movimiento Democrático de la Renovación Malgache).
La declaración de la primera república independiente (1960) lleva al poder a Tsiranana. Este nacionalista moderado que se había impuesto como líder político de los habitantes de la costa intenta conciliar ideología social-demócrata y liberalismo económico sin impedir la política intervencionista francesa. 
Tras el derrocamiento de Tsiranana en 1972, Didier Ratsiraka orienta el país hacia el bloque socialista instaurando la República Democrática de Madagascar en 1975 y un partido único (AREMA). Pero la campaña de malgachización de la enseñanza no tiene el éxito previsto y la nacionalización de las empresas aleja a los inversores. Mientras crece el autoritarismo presidencial, el país se empobrece y las provincias permanecen bajo el dominio del poder central. Después de un tiempo fuera del gobierno, Ratsiraka vuelve al poder en 1997, aunque debilitado. Las elecciones de 2001 proclaman triunfador a Marc Ravalomanana, alcalde de la capital, que llega a la presidencia al año siguiente. Tras la suspensión de la ayuda económica internacional y con un gobierno cada vez más desprestigiado, la historia se repite en 2009, con el enfrentamiento entre el presidente Ravalomanana y el alcalde de Tananarive, Andry Ratsoelina, que aprovecha el caos violento en que se ve sumida la capital para acceder al poder en medio de duras protestas.
(1) A diferencia de lo que ocurre en otros países francófonos africanos, el francés que se utiliza en Madagascar se aproxima bastante al modelo estándar.
