La información que tenemos de El Trigal y de otros sitios arqueológicos de La Puntilla nos permite definir una serie de fases puestas de manifiesto a través de las evidencias materiales:
-Trigal 1 (Asentamiento Inicial): 1200-800 cal ANE Primera ocupación constatada en El Trigal III
-Trigal 2 (Horizonte de Cerro de El Trigal I): 700-450 cal ANE. Primer asentamiento del Cerro de El Trigal. Fase del Edificio de los Almacenes y construcción del sistema defensivo.
-Trigal 3 (Horizonte de Cerro de El Trigal II): 450-150 cal ANE. Segundo asentamiento del Cerro El Trigal. Fase del Edificio de los Patios.
-Trigal 4 (Horizonte de La Puntilla I): 100 cal ANE-50 cal DNE. Tras el desalojo del Cerro, se ubica en El Trigal III un nuevo asentamiento. Las ocupación del sitio de La Puntilla 1 ilustra esta etapa.
-Trigal 5 (Horizonte de Cahuachi): 50-400 cal DNE. Es la etapa de centralización territorial del Estado de Cahuachi. En El Trigal III existe un asentamiento que forma parte del territorio rural. Un complejo arquitectónico, con estancias, patios y corredores, donde se realizaron también enterramientos, parece constituir un gran enclave doméstico.
-Abandono: 400-1400 cal DNE. Con el abandono del centro político-ideológico de Cahuachi, también se abandonó El Trigal III, en el marco de la desaparición del estado regional. No conocemos la ubicación del poblamiento en La Puntilla durante un milenio. No obstante, al otro lado del río Aja, la zona arqueológica de La Tiza, nos informa de la persistencia de los asentamientos en la comarca.
-Trigal 6 (Horizonte de Expansión Imperial Inka): 1400-1500 cal DNE. En el marco de la desestabilización política y poblacional que generó la expansión imperial Inka hacia la costa, sabemos que hubo frecuentaciones y posibles establecimientos, de carácter precario, en los cerros de La Puntilla, como ocurrió en Cerro de El Trigal entorno al 1450 cal ANE.
-Trigal 7 Siglos XVI-XX cal DNE. La zona de El Trigal fue objeto de actividades agroganaderas. Sabemos que hubo unos establos de ganado caprino en el Cerro de El Trigal, y existen otras evidencias de frecuentaciones.
-Trigal 8 Siglo XX: La existencia a lo largo del siglo XX de la hacienda de El Trigal y las infraestructuras asociadas (acequias, aterrazamientos), junto a la existencia de un bosque de huarangos en El Trigal III, supuso una afectación importante a los depósitos arqueológicos. Además durante el siglo XX se realizaron intensas actividades clantestinas de excavaciones (“huaqueo”), que afectaron sobre todo a las tumbas de El Trigal III.