Prediction of enzyme function by combining sequence similarity and protein interactions
Espadaler Mazo, Jordi (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut)
Eswar, Narayanan (University of California. Departments of Biopharmaceutical Sciences and Pharmaceutical Chemistry)
Querol Murillo, Enrique (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Avilés, Francesc X. (Francesc Xavier) (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Sali, Andrej (University of California. Departments of Biopharmaceutical Sciences and Pharmaceutical Chemistry)
Martí Renom, Marc A. (Centro de Investigación Príncipe Felipe (València))
Oliva Miguel, Baldomero (Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut)

Fecha:	2008
Resumen:	Background: A number of studies have used protein interaction data alone for protein function prediction. Here, we introduce a computational approach for annotation of enzymes, based on the observation that similar protein sequences are more likely to perform the same function if they share similar interacting partners. Results: The method has been tested against the PSI-BLAST program using a set of 3,890 protein sequences from which interaction data was available. For protein sequences that align with at least 40% sequence identity to a known enzyme, the specificity of our method in predicting the first three EC digits increased from 80% to 90% at 80% coverage when compared to PSI-BLAST. Conclusion: Our method can also be used in proteins for which homologous sequences with known interacting partners can be detected. Thus, our method could increase 10% the specificity of genome-wide enzyme predictions based on sequence matching by PSI-BLAST alone.
Ayudas:	Ministerio de Educación y Ciencia BIO2005-00533 Ministerio de Educación y Ciencia BIO2007-67904-C02-01 Ministerio de Educación y Ciencia BIO2007-66670 Ministerio de Educación y Ciencia BIO2007-68046 Ministerio de Educación y Ciencia PSE-010000-2007-1
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicado en:	BMC bioinformatics, Vol. 9, N. 249 (May 2008), p. 1-8, ISSN 1471-2105

DOI: 10.1186/1471-2105-9-249
PMID: 18505562

8 p, 958.4 KB

1 p, 6.4 KB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias de la salud y biociencias > Instituto de Biotecnología y de Biomedicina (IBB)
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados