Cancer Genome Interpreter annotates the biological and clinical relevance of tumor alterations
Tamborero, David (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques)
Rubio-Perez, Carlota (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques)
Deu-Pons, Jordi (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques)
Schroeder, Michael P. (Charité-Universitätsmedizin Berlin)
Vivancos, Ana (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia)
Rovira, Ana (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques)
Tusquets, Ignasi (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques)
Albanell Mestres, Joan (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques)
Rodón Ahnert, Jordi (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia)
Tabernero, Josep (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia)
De Torres, Carmen (Institut de Recerca Sant Joan de Déu)
Dienstmann, Rodrigo (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia)
Gonzalez-Perez, Abel (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques)
Lopez-Bigas, Nuria (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats)
Universitat Autònoma de Barcelona

Date:	2018
Abstract:	While tumor genome sequencing has become widely available in clinical and research settings, the interpretation of tumor somatic variants remains an important bottleneck. Here we present the Cancer Genome Interpreter, a versatile platform that automates the interpretation of newly sequenced cancer genomes, annotating the potential of alterations detected in tumors to act as drivers and their possible effect on treatment response. The results are organized in different levels of evidence according to current knowledge, which we envision can support a broad range of oncology use cases. The resource is publicly available at http://www. cancergenomeinterpreter. org. The online version of this article (10. 1186/s13073-018-0531-8) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Grants:	European Commission 634143 European Commission 682398 Ministerio de Economía y Competitividad SAF2015-74072-JIN Ministerio de Economía y Competitividad BES2013-063354 Ministerio de Economía y Competitividad RYC-2013-14554
Note:	Altres ajuts: Fundació La Marató TV3
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Language:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Published in:	Genome medicine, Vol. 10 (March 2018) , art. 25, ISSN 1756-994X

DOI: 10.1186/s13073-018-0531-8
PMID: 29592813

8 p, 2.4 MB

The record appears in these collections:
Articles > Research articles
Articles > Published articles