Graphics for relatedness research
Galván-Femenía, Iván (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer)
Graffelman, Jan (Universitat Politècnica de Catalunya. Departament d'Estadística i Investigació Operativa)
Barceló-i-Vidal, Carles (Universitat de Girona. Departament d'Informàtica, Matemàtica Aplicada i Estadística)

Fecha:	2017
Resumen:	Studies of relatedness have been crucial in molecular ecology over the last decades. Good evidence of this is the fact that studies of population structure, evolution of social behaviours, genetic diversity and quantitative genetics all involve relatedness research. The main aim of this article was to review the most common graphical methods used in allele sharing studies for detecting and identifying family relationships. Both IBS- and IBD-based allele sharing studies are considered. Furthermore, we propose two additional graphical methods from the field of compositional data analysis: the ternary diagram and scatterplots of isometric log-ratios of IBS and IBD probabilities. We illustrate all graphical tools with genetic data from the HGDP-CEPH diversity panel, using mainly 377 microsatellites genotyped for 25 individuals from the Maya population of this panel. We enhance all graphics with convex hulls obtained by simulation and use these to confirm the documented relationships. The proposed compositional graphics are shown to be useful in relatedness research, as they also single out the most prominent related pairs. The ternary diagram is advocated for its ability to display all three allele sharing probabilities simultaneously. The log-ratio plots are advocated as an attempt to overcome the problems with the Euclidean distance interpretation in the classical graphics.
Ayudas:	Ministerio de Economía y Competitividad MTM2015-65016-C2-1-R
Nota:	Altres ajuts: MTM2015-65016-C2-2-R and R01 GM075091 from the United States National Institutes of Health
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió publicada
Materia:	Compositional data analysis ; Identical by state/descent ; Isometric log-ratio ; Microsatellite ; Relatedness ; Ternary diagram
Publicado en:	Molecular ecology resources, Vol. 17 (2017) , p. 1271-1282

DOI: 10.1111/1755-0998.12674
PMID: 28374569

12 p, 403.2 KB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias de la salud y biociencias > Institut d'Investigació en Ciencies de la Salut Germans Trias i Pujol (IGTP)
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados