Sampling time-dependent artifacts in single-cell genomics studies
Massoni-Badosa, R. (Centre de Regulació Genòmica)
Iacono, G. (Centre de Regulació Genòmica)
Moutinho, Catia (Centre de Regulació Genòmica)
Kulis, M. (Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer)
Palau, Núria (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Marchese, Domenica (Centre de Regulació Genòmica)
Rodríguez-Ubreva, Javier (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras)
Ballestar, Esteban (Hospital Clínic i Provincial de Barcelona)
Rodriguez-Esteban, G. (Centre de Regulació Genòmica)
Marsal, S. (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Aymerich, Marta (Hospital Clínic i Provincial de Barcelona)
Colomer, Dolors (Centro de Investigación Biomédica en Red de Cáncer)
Campo, Elias (Centro de Investigación Biomédica en Red de Cáncer)
Julià Cano, Antonio (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Martín-Subero, Jose Ignacio (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats)
Heyn, Holger (Universitat Pompeu Fabra)
Universitat Autònoma de Barcelona

Fecha:	2020
Resumen:	Robust protocols and automation now enable large-scale single-cell RNA and ATAC sequencing experiments and their application on biobank and clinical cohorts. However, technical biases introduced during sample acquisition can hinder solid, reproducible results, and a systematic benchmarking is required before entering large-scale data production. Here, we report the existence and extent of gene expression and chromatin accessibility artifacts introduced during sampling and identify experimental and computational solutions for their prevention.
Ayudas:	Instituto de Salud Carlos III CP14-00229 Ministerio de Ciencia e Innovación SAF2017-89109-P Ministerio de Economía y Competitividad IPT-010000-2010-36 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017-SGR-736 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017-SGR-1142 European Commission 210574908 European Commission 810287
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió publicada
Materia:	Single-cell ; Biobank ; RNA sequencing ; Peripheral blood mononuclear cells ; PBMC ; Chronic lymphocytic leukemia ; CLL ; Sampling ; Cryopreservation ; Benchmarking
Publicado en:	Genome biology, Vol. 21 Núm. 1 (november 2020) , p. 112, ISSN 1474-760X

DOI: 10.1186/s13059-020-02032-0
PMID: 32393363

16 p, 1.4 MB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias de la salud y biociencias > Institut d'Investigació en Ciencies de la Salut Germans Trias i Pujol (IGTP) > Instituto de Investigación contra la Leucemia Josep Carreras
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados