Amplification dynamics of miniature inverted-repeat transposable elements and their impact on rice trait variability
Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Vendrell Mir, Pol (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Bardil, Amélie (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Carpentier, Marie-Christine (Université de Perpignan. Laboratoire Génome et Développement des Plantes)
Panaud, Olivier (Université de Perpignan. Laboratoire Génome et Développement des Plantes)
Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica)

Fecha:	2021
Resumen:	Transposable elements (TEs) are a rich source of genetic variability. Among TEs, miniature inverted-repeat TEs (MITEs) are of particular interest as they are present in high copy numbers in plant genomes and are closely associated with genes. MITEs are deletion derivatives of class II transposons, and can be mobilized by the transposases encoded by the latter through a typical cut-and-paste mechanism. However, MITEs are typically present at much higher copy numbers than class II transposons. We present here an analysis of 103 109 transposon insertion polymorphisms (TIPs) in 738 Oryza sativa genomes representing the main rice population groups. We show that an important fraction of MITE insertions has been fixed in rice concomitantly with its domestication. However, another fraction of MITE insertions is present at low frequencies. We performed MITE TIP-genome-wide association studies (TIP-GWAS) to study the impact of these elements on agronomically important traits and found that these elements uncover more trait associations than single nucleotide polymorphisms (SNPs) on important phenotypes such as grain width. Finally, using SNP-GWAS and TIP-GWAS we provide evidence of the replicative amplification of MITEs.
Ayudas:	Agencia Estatal de Investigación AGL2016-78992-R Agencia Estatal de Investigación PID2019-106374RB-I00
Derechos:	Aquest material està protegit per drets d'autor i/o drets afins. Podeu utilitzar aquest material en funció del que permet la legislació de drets d'autor i drets afins d'aplicació al vostre cas. Per a d'altres usos heu d'obtenir permís del(s) titular(s) de drets.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió acceptada per publicar
Publicado en:	The Plant journal, Vol. 107, Issue 1 (July 2021) , p. 118-135, ISSN 1365-313X

DOI: 10.1111/tpj.15277

Postprint 46 p, 19.9 MB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias > CRAG (Centro de Investigación en Agrigenómica)
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados