Open-Source Bioinformatic Pipeline to Improve PMS2 Genetic Testing Using Short-Read NGS Data
Munté, Elisabet (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge)
Feliubadaló, Lidia (Instituto de Salud Carlos III)
Del Valle, Jesús (Instituto de Salud Carlos III)
González, Sara (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge)
Ramos-Muntada, M. (Instituto de Salud Carlos III)
Balmaña Gelpí, Judith (Hospital Universitari Vall d'Hebron)
Ramon y Cajal, Teresa (Institut de Recerca Sant Pau)
Tuset, Noemí (Hospital Universitari Arnau de Vilanova)
Llort, Gemma (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT))
Cadiñanos, J. (Fundación Centro Médico de Asturias-IMOMA)
Brunet, Joan (Institut d'Investigació Biomèdica de Girona)
Capellá, G. (Gabriel) (Instituto de Salud Carlos III)
Lazaro Garcia, Conxi (Instituto de Salud Carlos III)
Pineda, Marta (Instituto de Salud Carlos III)
Universitat Autònoma de Barcelona

Fecha:	2024
Resumen:	The molecular diagnosis of mismatch repair-deficient cancer syndromes is hampered by difficulties in sequencing the PMS2 gene, mainly owing to the PMS2CL pseudogene. Next-generation sequencing short reads cannot be mapped unambiguously by standard pipelines, compromising variant calling accuracy. This study aimed to provide a refined bioinformatic pipeline for PMS2 mutational analysis and explore PMS2 germline pathogenic variant prevalence in an unselected hereditary cancer (HC) cohort. PMS2 mutational analysis was optimized using two cohorts: 192 unselected HC patients for assessing the allelic ratio of paralogous sequence variants, and 13 samples enriched with PMS2 (likely) pathogenic variants screened previously by long-range genomic DNA PCR amplification. Reads were forced to align with the PMS2 reference sequence, except those corresponding to exon 11, where only those intersecting gene-specific invariant positions were considered. Afterward, the refined pipeline's accuracy was validated in a cohort of 40 patients and used to screen 5619 HC patients. Compared with our routine diagnostic pipeline, the PMS2_vaR pipeline showed increased technical sensitivity (0. 853 to 0. 956, respectively) in the validation cohort, identifying all previously PMS2 pathogenic variants found by long-range genomic DNA PCR amplification. Fifteen HC cohort samples carried a pathogenic PMS2 variant (15 of 5619; 0. 285%), doubling the estimated prevalence in the general population. The refined open-source approach improved PMS2 mutational analysis accuracy, allowing its inclusion in the routine next-generation sequencing pipeline streamlining PMS2 screening.
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, i la comunicació pública de l'obra, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original. No es permet la creació d'obres derivades.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió publicada
Materia:	Computational Biology ; DNA Mutational Analysis ; Genetic Testing ; Germ-Line Mutation ; High-Throughput Nucleotide Sequencing ; Humans ; Mismatch Repair Endonuclease PMS2 ; Neoplastic Syndromes, Hereditary
Publicado en:	Journal of Molecular Diagnostics, Vol. 26 Núm. 8 (august 2024) , p. 727-738, ISSN 1943-7811

DOI: 10.1016/j.jmoldx.2024.05.005
PMID: 38851388

12 p, 702.3 KB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias de la salud y biociencias > Instituto de Investigación e Innovación Parc Taulí (I3PT)
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias de la salud y biociencias > Institut de Recerca Sant Pau
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados