RNA structure drives interaction with proteins
Sánchez de Groot, Natalia (Centre de Regulació Genòmica)
Armaos, Alexandros (Centre de Regulació Genòmica)
Graña Montes, Ricardo (Centre de Regulació Genòmica)
Alriquet, Marion (Goethe University Frankfurt. Buchmann Institute for Molecular Life Sciences)
Calloni, Giulia (Goethe University Frankfurt. Buchmann Institute for Molecular Life Sciences)
Vabulas, R. Martin (Goethe University Frankfurt. Institute of Biophysical Chemistry)
Tartaglia, Gian Gaetano (Centre de Regulació Genòmica)

Fecha:	2019
Resumen:	The combination of high-throughput sequencing and in vivo crosslinking approaches leads to the progressive uncovering of the complex interdependence between cellular transcriptome and proteome. Yet, the molecular determinants governing interactions in protein-RNA networks are not well understood. Here we investigated the relationship between the structure of an RNA and its ability to interact with proteins. Analysing in silico, in vitro and in vivo experiments, we find that the amount of double-stranded regions in an RNA correlates with the number of protein contacts. This relationship -which we call structure-driven protein interactivity- allows classification of RNA types, plays a role in gene regulation and could have implications for the formation of phase-separated ribonucleoprotein assemblies. We validate our hypothesis by showing that a highly structured RNA can rearrange the composition of a protein aggregate. We report that the tendency of proteins to phase-separate is reduced by interactions with specific RNAs.
Ayudas:	European Commission 309545 European Commission 311522 Ministerio de Economía y Competitividad BFU2014-55054-P Agencia Estatal de Investigación BFU2017-86970-P Fundació la Marató de TV3 PI043296
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicado en:	Nature communications, Vol. 10 (July 2019) , art. 3246, ISSN 2041-1723

DOI: 10.1038/s41467-019-10923-5

13 p, 1.3 MB

El registro aparece en las colecciones:
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados