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1.
14 p, 13.9 MB ScipionTomo : Towards cryo-electron tomography software integration, reproducibility, and validation / Jiménez de la Morena, Jorge (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Conesa Mingo, Pablo (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Fonseca-Reyna, Yunior César (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; de Isidro-Gómez, Federico P. (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Herreros, David (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Fernández-Giménez, Estrella (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Střelák, David (Masaryk University) ; Moebel, Emmanuel (Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique) ; Buchholz, Tim Oliver (Center for Systems Biology Dresden) ; Jug, Florian (Fondazione Human Technopole) ; Martínez-Sánchez, Antonio (University of Oviedo. Department of Computer Sciences) ; Harastani, Mohamad (Sorbonne Université) ; Jonic, Slavica (Sorbonne Université) ; Conesa, José Javier (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Cuervo, Ana (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Losana, Patricia (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Sánchez-Caballero, Ignacio (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Iceta Tena, Mikel (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; del Cano, Laura (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Gragera, Marcos (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Melero, Roberto (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Sharov, Grigory (MRC Laboratory of Molecular Biology. Structural Studies Division) ; Castaño-Díez, Daniel (University of Basel. Biozentrum) ; Koster, Abraham J. (University of Leiden. Ultrastructural and Molecular Imaging) ; Piccirillo, Jonathan G. (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Vilas, Jose Luis (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Oton, Joaquin (ALBA Laboratori de Llum de Sincrotró) ; Marabini, Roberto (Universidad Autònoma de Madrid. Escuela Politécnica Superior) ; Sorzano, Carlos Oscar S. (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Carazo Garcia, José María (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology)
Image processing in cryogenic electron tomography (cryoET) is currently at a similar state as Single Particle Analysis (SPA) in cryogenic electron microscopy (cryoEM) was a few years ago. Its data processing workflows are far from being well defined and the user experience is still not smooth. [...]
2022 - 10.1016/j.jsb.2022.107872
Journal of structural biology, Vol. 214, Issue 3 (September 2022) , art. 107872  
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2.
12 p, 3.5 MB XTEND : Extending the depth of field in cryo soft X-ray tomography / Otón, Joaquín (Centro Nacional de Biotecnología) ; Pereiro, Eva (ALBA Laboratori de Llum de Sincrotró) ; Conesa, José J. (Centro Nacional de Biotecnología) ; Chichón, Francisco J. (Centro Nacional de Biotecnología) ; Luque, Daniel (Centro Nacional de Microbiología (Espanya)) ; Rodríguez, Javier M. (Centro Nacional de Microbiología (Espanya)) ; Pérez-Berná, Ana J. (ALBA Laboratori de Llum de Sincrotró) ; Sorzano, Carlos Oscar S. (Centro Nacional de Biotecnología) ; Klukowska, Joanna (City University of New York. Department of Computer Science, The Graduate Center) ; Herman, Gabor T. (City University of New York. Department of Computer Science, The Graduate Center) ; Vargas, Javier (Centro Nacional de Biotecnología) ; Marabini, Roberto (Universidad Autònoma de Madrid. Escuela Politécnica Superior) ; Carrascosa, José L. (Centro Nacional de Biotecnología) ; Carazo, José M. (Centro Nacional de Biotecnología)
We have developed a new data collection method and processing framework in full field cryo soft X-ray tomography to computationally extend the depth of field (DOF) of a Fresnel zone plate lens. Structural features of 3D-reconstructed eukaryotic cells that are affected by DOF artifacts in standard reconstruction are now recovered. [...]
2017 - 10.1038/srep45808
Scientific reports, Vol. 7 (Abril 2017) , art. 45808  
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3.
16 p, 2.8 MB Multiparametric analysis of the effectiveness of cisplatin on cutaneous squamous carcinoma cells using two different types of adjuvants / Gil, Sílvia (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT)) ; Solano, Eduardo (ALBA Laboratori de Llum de Sincrotró) ; Martínez-Trucharte, Francesc (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT)) ; Martínez-Esaín, Jordi (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Química) ; Pérez-Berná, Ana J. (ALBA Laboratori de Llum de Sincrotró) ; Conesa, José Javier (ALBA Laboratori de Llum de Sincrotró) ; Kamma-Lorger, Christina (Australian Synchrotron) ; Alsina, Mercè (Hospital Clínic i Provincial de Barcelona) ; Sabés Xamaní, Manuel (Universitat Autònoma de Barcelona. Unitat de Biofísica)
The objective of this study was to regulate the cytotoxicity of cisplatin (cisPt) minimizing its adverse effects. For this purpose, the lowest cisPt concentration needed to obtain a significant positive response in cutaneous squamous cell carcinoma (cSCC) was explored. [...]
2020 - 10.1371/journal.pone.0230022
PloS one, Vol. 15 (March 2020) , art. e0230022  
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