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1.
14 p, 13.9 MB ScipionTomo : Towards cryo-electron tomography software integration, reproducibility, and validation / Jiménez de la Morena, Jorge (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Conesa Mingo, Pablo (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Fonseca-Reyna, Yunior César (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; de Isidro-Gómez, Federico P. (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Herreros, David (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Fernández-Giménez, Estrella (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Střelák, David (Masaryk University) ; Moebel, Emmanuel (Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique) ; Buchholz, Tim Oliver (Center for Systems Biology Dresden) ; Jug, Florian (Fondazione Human Technopole) ; Martínez-Sánchez, Antonio (University of Oviedo. Department of Computer Sciences) ; Harastani, Mohamad (Sorbonne Université) ; Jonic, Slavica (Sorbonne Université) ; Conesa, José Javier (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Cuervo, Ana (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Losana, Patricia (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Sánchez-Caballero, Ignacio (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Iceta Tena, Mikel (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; del Cano, Laura (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Gragera, Marcos (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Melero, Roberto (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Sharov, Grigory (MRC Laboratory of Molecular Biology. Structural Studies Division) ; Castaño-Díez, Daniel (University of Basel. Biozentrum) ; Koster, Abraham J. (University of Leiden. Ultrastructural and Molecular Imaging) ; Piccirillo, Jonathan G. (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Vilas, Jose Luis (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Oton, Joaquin (ALBA Laboratori de Llum de Sincrotró) ; Marabini, Roberto (Universidad Autònoma de Madrid. Escuela Politécnica Superior) ; Sorzano, Carlos Oscar S. (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology) ; Carazo Garcia, José María (Consejo Superior de Investigaciones Científicas. National Center of Biotechnology)
Image processing in cryogenic electron tomography (cryoET) is currently at a similar state as Single Particle Analysis (SPA) in cryogenic electron microscopy (cryoEM) was a few years ago. Its data processing workflows are far from being well defined and the user experience is still not smooth. [...]
2022 - 10.1016/j.jsb.2022.107872
Journal of structural biology, Vol. 214, Issue 3 (September 2022) , art. 107872  
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2.
12 p, 3.5 MB XTEND : Extending the depth of field in cryo soft X-ray tomography / Otón, Joaquín (Centro Nacional de Biotecnología) ; Pereiro, Eva (ALBA Laboratori de Llum de Sincrotró) ; Conesa, José J. (Centro Nacional de Biotecnología) ; Chichón, Francisco J. (Centro Nacional de Biotecnología) ; Luque, Daniel (Centro Nacional de Microbiología (Espanya)) ; Rodríguez, Javier M. (Centro Nacional de Microbiología (Espanya)) ; Pérez-Berná, Ana J. (ALBA Laboratori de Llum de Sincrotró) ; Sorzano, Carlos Oscar S. (Centro Nacional de Biotecnología) ; Klukowska, Joanna (City University of New York. Department of Computer Science, The Graduate Center) ; Herman, Gabor T. (City University of New York. Department of Computer Science, The Graduate Center) ; Vargas, Javier (Centro Nacional de Biotecnología) ; Marabini, Roberto (Universidad Autònoma de Madrid. Escuela Politécnica Superior) ; Carrascosa, José L. (Centro Nacional de Biotecnología) ; Carazo, José M. (Centro Nacional de Biotecnología)
We have developed a new data collection method and processing framework in full field cryo soft X-ray tomography to computationally extend the depth of field (DOF) of a Fresnel zone plate lens. Structural features of 3D-reconstructed eukaryotic cells that are affected by DOF artifacts in standard reconstruction are now recovered. [...]
2017 - 10.1038/srep45808
Scientific reports, Vol. 7 (Abril 2017) , art. 45808  
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2 Otón, Joaquín
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