Wanderer, an interactive viewer to explore DNA methylation and gene expression data in human cancer
Díez-Villanueva, Anna (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer)
Mallona, Izaskun (Institut Germans Trias i Pujol. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol)
Peinado Morales, Miguel Á. (Miguel Ángel) (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Medicina Predictiva i Personalitzada del Càncer)

Data:	2015
Resum:	BACKGROUND: The Cancer Genome Atlas (TCGA) offers a multilayered view of genomics and epigenomics data of many human cancer types. However, the retrieval of expression and methylation data from TCGA is a cumbersome and time-consuming task. RESULTS:Wanderer is an intuitive Web tool allowing real time access and visualization of gene expression and DNA methylation profiles from TCGA. Given a gene query and selection of a TCGA dataset (e. g. , colon adenocarcinomas), the Web resource provides the expression profile, at the single exon level, and the DNA methylation levels of HumanMethylation450 BeadChip loci inside or in the vicinity of the queried gene. Graphic and table outputs include individual and summary data as well as statistical tests, allowing the comparison of tumor and normal profiles and the exploration along the genomic locus and across tumor collections. CONCLUSIONS: Wanderer offers a simple interface to straightforward access to TCGA data, amenable to experimentalists and clinicians without bioinformatics expertise. Wanderer may be accessed at http://maplab. catwanderer.
Ajuts:	Ministerio de Economía y Competitividad SAF2011/23638 Ministerio de Economía y Competitividad PTC2011-1091
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicat a:	Epigenetics & chromatin, Vol. 8 Núm. 22 (2015) , ISSN 1756-8935

DOI: 10.1186/s13072-015-0014-8
PMID: 26113876

8 p, 3.0 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències de la salut i biociències > Institut d'Investigació en Ciencies de la Salut Germans Trias i Pujol (IGTP)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats