Balances : a New Perspective for Microbiome Analysis
Rivera Pinto, Javier (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa)
Egozcue, J. J.. (Universitat Politècnica de Catalunya)
Pawlowsky-Glahn, Vera (Universitat de Girona)
Paredes, Roger (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Medicina)
Noguera-Julian, Marc (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa)
Calle, M. Luz (Universitat de Vic - Universitat Central de Catalunya)

Data:	2018
Resum:	We propose a new algorithm for the identification of microbial signatures. These microbial signatures can be used for diagnosis, prognosis, or prediction of therapeutic response based on an individual's specific microbiota. High-throughput sequencing technologies have revolutionized microbiome research by allowing the relative quantification of microbiome composition and function in different environments. In this work we focus on the identification of microbial signatures, groups of microbial taxa that are predictive of a phenotype of interest. We do this by acknowledging the compositional nature of the microbiome and the fact that it carries relative information. Thus, instead of defining a microbial signature as a linear combination in real space corresponding to the abundances of a group of taxa, we consider microbial signatures given by the geometric means of data from two groups of taxa whose relative abundances, or balance, are associated with the response variable of interest. In this work we present selbal, a greedy stepwise algorithm for selection of balances or microbial signatures that preserves the principles of compositional data analysis. We illustrate the algorithm with 16S rRNA abundance data from a Crohn's microbiome study and an HIV microbiome study.
Ajuts:	Instituto de Salud Carlos III RD12-0017-0002 Ministerio de Economía y Competitividad MTM2015-64465-C2-1-R
Nota:	Altres ajuts: The study was supported by a research grant from the Fundació Glória Soler. M.N.-J., J.R.-P., and R.P. acknowledge funds from the Gala contra la SIDA 2013, 2014, and 2015 editions, from the Nit per la Recerca a la Catalunya Central 2015 edition, and from the Red de Investigación en Sida (RD12/0017/0002) as part of the Plan Nacional R+D+I, cofinanced by the Instituto de Salud Carlos III (ISCIII)-Subdirección General de Evaluación y Fomento de la Investigación el Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER). J.R.-P. is supported through a grant for predoctoral studies from Noel Alimentaria to the University of Vic (UVic-UCC) and M.L.C. through MTM2015-64465-C2-1-R, Ministerio de Economía y Competitividad, Spain.
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Balances ; Compositional data ; Microbiome
Publicat a:	mSystems, Vol. 3 (july 2018) , ISSN 2379-5077

DOI: 10.1128/mSystems.00053-18
PMID: 30035234

12 p, 401.2 KB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències de la salut i biociències > Institut d'Investigació en Ciencies de la Salut Germans Trias i Pujol (IGTP)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats