The Respiratory Microbiome in Cystic Fibrosis : Compartment Patterns and Clinical Relationships in Early Stage Disease
Garcia-Nuñez, Marian (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT))
Garcia-Gonzalez, Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona)
Pomares, Xavier (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT))
Montón, Concepción (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT))
Millares, Laura (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT))
Quero, Sara (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT))
Prina, Elena (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT))
Asensio, Oscar (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT))
Bosque, Montserrat (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT))
Capilla, Silvia (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT))
Cuevas, Oscar (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT))
Monsó, Eduard (Universitat Autònoma de Barcelona)

Data:	2020
Resum:	We compared the bacterial microbiomes lodged in the bronchial tree, oropharynx and nose of patients with early stage cystic fibrosis (CF) not using chronic antibiotics, determining their relationships with lung function and exacerbation frequency. CF patients were enrolled in a cohort study during stability and were checked regularly over the following 9 months. Upper respiratory samples (sputum [S], oropharyngeal swab [OP] and nasal washing [N]) were collected at the first visit and every 3 months. 16S rRNA gene amplification and sequencing was performed and analyzed with QIIME. Seventeen CF patients were enrolled (16. 6 SD 9. 6 years). Alpha-diversity of bacterial communities between samples was significantly higher in S than in OP (Shannon index median 4. 6 [IQR: 4. 1-4. 9] vs. 3. 7 [IQR: 3-1-4. 1], p = 0. 003/Chao 1 richness estimator median 97. 75 [IQR: 85. 1-110. 9] vs. 43. 9 [IQR: 31. 7-59. 9], p = 0. 003) and beta-diversity analysis also showed significant differences in the microbial composition of both respiratory compartments (Adonis test of Bray Curtis dissimilarity matrix, p = 0. 001). Dominant taxa were found at baseline in five patients (29. 4%), who showed lower forced expiratory volume in the first second (FEV1%, mean 74. 8 [SD 19] vs. 97. 2 [SD 17. 8], p = 0. 035, Student t test). The Staphylococcus genus had low RAs in most samples (median 0. 26% [IQR 0. 01-0. 69%]), but patients with RA.
Ajuts:	Instituto de Salud Carlos III PI18/00934
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Cystic fibrosis ; Microbiome ; Exacerbation ; Lung function ; Staphylococcus aureus
Publicat a:	Frontiers in microbiology, Vol. 11 (june 2020) , ISSN 1664-302X

DOI: 10.3389/fmicb.2020.01463
PMID: 32695090

10 p, 9.4 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències de la salut i biociències > Institut d’Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats