 visitant ::
identificació
|
|||||||||||||||
|
Cerca | Lliura | Ajuda | Servei de Biblioteques | Sobre el DDD | Català English Español | |||||||||
| Pàgina inicial > Articles > Articles publicats > Low input capture Hi-C (liCHi-C) identifies promoter-enhancer interactions at high-resolution |
(Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras) (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras) (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras) (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras) (Wellcome-MRC Cambridge Stem Cell Institute) (Hospital Sant Joan de Déu (Manresa)) (Instituto de Salud Carlos III) (Institut Germans Trias i Pujol. Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras) (Institut Germans Trias i Pujol)
| Data: | 2023 |
| Resum: | Long-range interactions between regulatory elements and promoters are key in gene transcriptional control; however, their study requires large amounts of starting material, which is not compatible with clinical scenarios nor the study of rare cell populations. Here we introduce low input capture Hi-C (liCHi-C) as a cost-effective, flexible method to map and robustly compare promoter interactomes at high resolution. As proof of its broad applicability, we implement liCHi-C to study normal and malignant human hematopoietic hierarchy in clinical samples. We demonstrate that the dynamic promoter architecture identifies developmental trajectories and orchestrates transcriptional transitions during cell-state commitment. Moreover, liCHi-C enables the identification of disease-relevant cell types, genes and pathways potentially deregulated by non-coding alterations at distal regulatory elements. Finally, we show that liCHi-C can be harnessed to uncover genome-wide structural variants, resolve their breakpoints and infer their pathogenic effects. Collectively, our optimized liCHi-C method expands the study of 3D chromatin organization to unique, low-abundance cell populations, and offers an opportunity to uncover factors and regulatory networks involved in disease pathogenesis. |
| Ajuts: | Agencia Estatal de Investigación RTI2018-094788-A-I00 "la Caixa" Foundation LCF/BQ/PI19/11690001 "la Caixa" Foundation PRE2019-088005 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2019FI-B00017 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca FPU20/03798 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca INVES211226MOLI Agencia Estatal de Investigación PLE2021-007518 Instituto de Salud Carlos III PI20/00822 |
| Drets: | Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.  |
| Llengua: | Anglès |
| Document: | Article ; recerca ; Versió publicada |
| Matèria: | Chromatin ; Enhancer Elements, Genetic ; Gene Expression Regulation ; Humans ; Promoter Regions, Genetic ; Regulatory Sequences, Nucleic Acid |
| Publicat a: | Nature communications, Vol. 14 Núm. 1 (december 2023) , p. 268, ISSN 2041-1723 |
