La Facultat de Ciències de la Universitat Autònoma de Barcelona va iniciar les seves activitats acadèmiques el curs 1969-1970 a la Casa de Convalescència de l'Hospital de Sant Pau de Barcelona.

El primer any es van impartir les classes corresponents al curs selectiu. A partir del curs següent (1970-1971) van iniciar les seves activitats les seccions de Física, Química i Biologia, que impartien les classes de segon.

El curs 1971-1972, la Facultat de Ciències es va traslladar als nous edificis del campus de Bellaterra. Aquell any, van començar el segon curs Matemàtiques i Geològiques.

La Facultat va iniciar el curs 1972-1973, els estudis d'Informàtica; posteriorment, els estudis d'Estadística (curs 1991-1992), Enginyeria Electrònica (1992-1993), Ciències Ambientals (1992-1993), Bioquímica (1992-1993), Enginyeria Química (1993-1994), Biotecnologia (1998-1999) i les mencions de: Bioestadística, Enginyeria en Matemàtica, Investigació de Mercats i Matemàtiques per a l'Economia (2001-2002).

L'organització de la Facultat de Ciències en seccions obté suport oficial en el Decret 1135/1972, de 20 d'abril, data en què es van constituir les seccions de Matemàtiques, Informàtica, Física, Química, Biologia i Geologia.

Les altres seccions es van anar constituint a mesura que es van anar publicant els corresponents plans d'estudis (BOE de 13, 14 i 21 de gener de 1993 i de 18 de febrer de 1993).

A partir del curs 1998-1999 les titulacions d'Enginyeria Electrònica, Enginyeria Informàtica i Enginyeria Química van passar a ser adscrites a l'Escola Tècnica Superior d'Enginyeria, creada pel Decret 105/1998, de 28 d'abril. La Facultat de Ciències continua impartint els estudis de la resta de titulacions cientificotècniques.
 

En base als acords del Consell de Govern i Consell Social d’aquesta Universitat de dates 29 de setembre i 2 de novembre de 2005 i l’ordre EDU/434/2006 de 30 d’agost, el curs 2006-2007 es va portar a terme un procés de reestructuració de la Facultat de Ciències i la creació de la Facultat de Biociències amb les titulacions de Biologia, Biotecnologia i Bioquímica.

D’acord amb el RD 1393/2007 de 29 d’octubre (EEES) el curs 2008/2009 la facultat posa en funcionament el Grau de Física, el Grau de Matemàtiques i el Grau de Física i Matemàtiques.

El curs 2009/2010 es va posar en funcionament el Grau de Geologia i el curs 2010/2011 es va posar en funcionalment el Grau de Ciències Ambientals, el Grau de Química, el Grau d'Estadística Aplicada i el Grau de Nanociència i Nanotecnologia.

El curs 2011/2012 s'inicia el Grau de Física i Química.