Medibloc

Durant aquest proper trimestre, a la Biblioteca de Medicina de la UAB (Bellaterra i Unitats Docents) hem programat diverses sessions de formació sobre les bases de dades PubMed i CINAHL.

 
És una base de dades d’àmbit biomèdic, creada per la National Library of Medicine dels EUA, que proporciona més de 20 milions de referències sobre medicina, infermeria, odontologia, veterinària, etc. .

Les sessions programades són:

• Biblioteca de Medicina – Bellaterra:
  Dilluns, 13 d’Abril de 2015, de 12:00-14:00. Inscripció
• Biblioteca Hospital Universitari Germans Trias i Pujol:
  Dilluns, 27 d’Abril de 2015, de 14:00-16:00. Inscripció
• Biblioteca Universitària de Medicina i Infermeria de Vall Hebron:
  Dimarts, 19 de Maig de 2015, de 11:00-12:30. Inscripció

 
Base de dades especialitzada en infermeria i disciplines afins que proporciona accés complet a més de 1.300 revistes electròniques. El curs us capacitarà per saber cercar allò que necessiteu, interpretar els resultats i gestionar-los

Les sessions programades són:

• Biblioteca de Medicina – Bellaterra:
  Dilluns, 27 d’Abril de 2015, de 12:00-14:00. Inscripció
• Biblioteca Hospital Universitari Germans Trias i Pujol:
  Dimecres, 29 d’Abril de 2015, de 11:15-13:15. Inscripció
• Biblioteca Universitària de Medicina i Infermeria de Vall Hebron:
  Dimarts, 16 de Juny de 2015, de 14:00-15:30. Inscripció

 
Podeu contactar amb les següents biblioteques per saber l’oferta dels cursos programats:

• Biblioteca de la Fundació Josep Laporte (Hospital de Sant Pau): Biblioteca.fbjl@uab.cat
• Biblioteca Campus Universitari Mar: Bib.Mar@uab.cat
• Unitat Docent de Parc Taulí: Bib.Medicina@uab.cat

 
Aquestes sessions són gratuïtes i van destinades a tota la comunitat universitària de la UAB.

Com ja sabeu, a Medibloc hem anat publicant notícies sobre la base de dades PubMed i les novetats que aquesta eina ha anat introduint amb el temps.

Després d’aquests anys d’entrades sobre PubMed en aquest blog, creiem que ha arribat el moment de fer una notícia on es reuneixin tots els posts sobre aquest recurs que poden ser d’interès per als usuaris de la base de dades. Aquí hi podreu trobar notícies, explicacions, tutorials… que us permetran aprofitar al màxim les prestacions que ofereix aquesta base de dades.

Cerca a la base de dades

•  Necessiteu cercar de manera més acurada la base de dades? Amb l’entrada Canvis en la cerca avançada us expliquem com funciona aquesta modalitat de cerca.
• PubMed és un recurs que permet filtrar els resultats de les cerques de moltes maneres, de tal manera que es pot obtenir una llista de resultats útils i pertinents. Si voleu conèixer com funcionen els filtres, consulteu la notícia Canvis a PubMed: filtres en comptes de límits.
• Heu realitzat diverses cerques i voleu desar-les en un arxiu? A PubMed: tot l’historial de cerca en un Excel trobareu les indicacions per fer-ho.
• Si voleu cercar a la base de dades des d’un dispositiu mòbil, us recomanem que llegiu PubMed mobile.

Els registres bibliogràfics

• Quina informació sobre els autors conté la base de dades? a la notícia PubMed i les filiacions dels autors us ho expliquem.
• Què és el PMID? Serveix per a alguna cosa? Ho trobareu tot sobre aquest identificador a PMID: un número màgic.
• Si voleu compartir els registres bibliogràfics a través de les xarxes socials, o voleu comentar els continguts dels articles podeu trobar com fer-ho a PubMed i les xarxes socials.

Desar els resultats d’una cerca

• Podeu desar registres d’una cerca en format .txt o enviar-los per correu electrònic… però sabíeu que també els podeu desar en un arxiu compatible amb fulls de càlcul tipus Excel? A l’entrada CSV: nou format per als resultats de PubMed us ho expliquem.
• Aquesta base de dades té un format d’arxiu específic per a exportar els resultats d’una cerca als diferents programes de gestors de referències. Podeu saber com funciona llegint PubMed i gestors de referències: novetat.

Altres eines de PubMed

• MyNCBI és una eina que permet personalitzar l’ús de PubMed. Un cop creat el compte d’usuari, MyNCBI ens proporciona un espai virtual on guardar les cerques, crear alertes, desar els documents o els filtres preferits, etc. Si voleu saber com funciona aquest espai propi dins de PubMed, llegiu les notícies que hem publicat a Medibloc sobre MyNCBI.
• Com ja sabeu, dins del camp de les ciències de la salut els títols de les revistes es presenten en format abreujat. PubMed ofereix una eina molt útil si necessitem saber el títol abreujat d’una revista, així com també permet saber el títol complet d’una publicació de la qual només en tenim el títol abreujat. Us ho expliquem a I quin és el títol exacte d’aquesta revista?.

Recordeu, també, que des del Servei de Biblioteques de la UAB hem realitzat guies i tutorials sobre PubMed:

• Accedir a PubMed com a usuari de la UAB: sabeu que podeu accedir a les revistes digitals subscrites per la UAB des de PubMed? En aquesta guia us ho expliquem.
• Videotutorials sobre PubMed: la Biblioteca de Medicina de la UAB, amb la col·laboració del Centre de Recursos Docents de la Facultat de Medicina, va el·laborar una sèrie de videotutorials on s’explica l’eina PubMed; s’hi tracten aspectes com la cerca simple, cerca avançada, cerca amb MESH…
  

Cliqueu sobre la imatge per accedir al recurs

 
Esperem que tota aquesta informació us sigui útil… i recordeu que el personal de la Biblioteca de Medicina de la UAB està a la vostra disposició per a resoldre els vostres dubtes o per ampliar la informació!

L’any 2011, la National Library of Medicine va posar en marxa una versió Beta de PubMed Mobile amb l’objectiu de facilitar la cerca a la base de dades a través dels dispositius mòbils. Aquesta eina permet una millor visualització  de la informació continguda als registres bibliogràfics de la base de dades.

Des de 2011 fins ara, PubMed Mobile ha anat millorant les seves prestacions amb l’objectiu que la cerca a través de la versió mòbil sigui el més semblant possible a la cerca tradicional de la base de dades. A finals d’octubre de 2014 es va fer la darrera actualització de l’eina.

Si ara consulteu PubMed a través de PubMed Mobile, trobareu les següents prestacions:

• barra de cerca amb desplegable de cerques relacionades
• possibilitat d’activar 2 filtres: Review i/o Free full text
• presentació dels resultats en format abreujat: amb informació del títol de l’article, el nom del primer autor, títol de la revista, any de publicació i, si n’hi ha, els comentaris fets a PubMed Commons
• possibilitat de visualitzar l’àbstract de l’article desitjat
• a la pantalla de l’àbstract es troben les dades completes de l’article, amb tots els autors, un enllaç per veure les filiacions d’aquests autors, altres articles que hi estan relacionats temàticament  i, a més,  es tornen a mostrar els comentaris fets a PubMedCommons.

Ara per ara, PubMed Mobile no inclou eines com els filtres, la cerca avançada o el MESH; tot i així, és una eina que permet cercar a PubMed de manera còmoda i ràpida a través dels dispositius mòbils.

 Cliqueu sobre la imatge per accedir al recurs

Cada cop més, el món de les xarxes socials està molt present a la nostra societat i, evidentment, aquestes xarxes també estan tenint una presència important dins l’àmbit de la recerca.

La  interacció entre investigadors sempre ha estat cabdal per a la recerca, i  no es pot negar que les xarxes socials afavoreixen moltíssim aquesta comunicació: iniciatives com Academia.edu o Researchgate són molt conegudes i utilitzades pels investigadors, que així poden difondre i comentar la recerca realitzada. D’altra banda, mitjans com Twitter i Facebook també són eines emprades per a la difusió de la recerca.

Per tant no és estrany que PubMed, que és una font d’informació importantíssima per a la recerca dins l’àmbit de les ciències de la salut, hagi posat en marxa 2 serveis relacionats amb les xarxes socials.

Difusió dels registres

La primera iniciativa endegada, ha estat la possibilitat de difondre els registres de la base de dades a través de Twitter, Facebook i Google+. Des de fa uns mesos, quan s’accedeix al registre bibliogràfic dels articles de PubMed, sota l’àbstract dels articles es poden trobar les icones d’aquestes 3 xarxes.

PubMed Commons

Durant l’octubre de 2013, el National Center for Biotechnology Information (NCBI) va posar en marxa PubMed Commons, iniciativa que té com a objectiu fomentar el debat i els comentaris sobre els articles publicats a  PubMed. Per a poder realitzar comentaris a través d’aquesta plataforma, cal que els investigadors compleixin una sèrie de requisits, que podeu trobar detallats en aquesta pàgina web.

 
Aquest tipus d’iniciatives generen, però, un debat important, i és que ara mateix hi ha diverses qüestions que cal tenir presents:

Les publicacions científiques generen un debat important? Cal una plataforma específica per fer-ho o ja s’estan utilitzant altres mitjans per a realitzar aquest debat? Els autors dels comentaris han d’estar identificats per a evitar els “trolls”, o és necessari l’anonimat per evitar possibles represàlies davant de comentaris negatius?

 
Cal fer una reflexió prèvia sobre aquests assumptes per tal d’evitar possibles abusos i censures. En aquest sentit, recomanem la lectura d’una notícia publicada a Nature News que planteja totes aquestes qüestions, amb l’opinió de diversos experts i que pot resultar molt interessant:

Com ja sabeu, PubMed és una de les principals fonts d’informació dins l’àmbit de les ciències de la salut. Aquesta base de dades proporciona, a més, la informació bibliogràfica completa dels articles: autor, títol, publicació, abstract, matèries… però hi ha una informació que PubMed no mostrava de manera completa: les filiacions de tots els autors dels articles.

I és que la base de dades consignava, només, la filiació del primer autor, o el  “corresponding author”. Això dificultava la cerca d’articles per una institució concreta, del tipus “Quants articles hi ha a PubMed d’autors pertanyents a la Universitat Autònoma de Barcelona?”

Des de fa pocs mesos, però, aquest tema s’ha resolt: des de mitjans de desembre de 2013, PubMed inclou la filiació de tots els autors dels articles.

Cal tenir present, però, una sèrie d’elements:

• PubMed inclou les filiacions sempre i quan el editors de les revistes hagin subministrat aquesta informació
• Les filiacions completes s’assignen als nous articles entrats a PubMed des del passat desembre, en cap cas s’afegeix aquesta informació als articles anteriors a aquesta data
• En cas que hi hagi múltiples autors amb múltiples filiacions, PubMed utilitza superíndexs per associar cada autor amb la seva institució

Aquesta informació es pot trobar a la pantalla de visualització dels articles en format abstract, on s’ha afegit un camp nou anomenat Author information; quan es selecciona aquest camp, PubMed mostra les filiacions:

 
Cal tenir present que és important que els autors facin constar la seva filiació de manera correcta; els investigadors de la Universitat Autònoma de Barcelona tenen al seu abast el document Recomanacions als autors de la UAB per a la correcta signatura i filiació de la producció científica, elaborat per l’Àrea de Gestió de la Recerca de la UAB.

Esperem que aquesta novetat us sigui ben útil!

La National Library of Medicine ha difós, a través del seu butlletí, una novetat dins la base de dades PubMed: ara ja és possible carregar tot l’historial de cerques fetes en un arxiu amb extensió .CSV (comma-separated values).

Fins ara, quan es realitzava una cerca a PubMed es podia desar la cerca a través de MyNCBI, o bé fer-ne un enllaç. L’inconvenient d’aquests 2 sistemes és que només permeten enllaçar o desar les cerques a MyNCBI d’una en una.

Podem desar un conjunt de cerques fetes al llarg d’una sessió de PubMed?  La resposta és que si, ja que PubMed ha incorporat aquesta opció dins l’historial de cerques.

Per desar les cerques en un arxiu .CSV cal seleccionar l’opció “Advanced” dins PubMed.

Font: elaboració pròpia

Dins l’opció de cerca avançada, apareix l’apartat History que mostra totes les cerques que s’han anat realitzant durant aquella sessió de PubMed. És aquí on ara apareix l’opció “Download History” que permet desar en un sol arxiu totes les cerques fetes.

Font: elaboració pròpia

L’arxiu CSV resultant podrà visualitzar-se amb el programa Excel de Microsoft o amb d’altres fulls de càlcul.

Esperem que aquesta novetat de PubMed us sigui d’utilitat
 

En el post d’avuí, us volem recordar un avís que el National Center for Biotechnology Information (NCBI) fa temps que va posar en circulació. Concretament, el NCBI demana als navegants de la xarxa que actualitzin els navegadors d’Internet per tal que es puguin seguir visualitzant correctament les planes web d’aquesta institució.

Aquesta informació és interessant sobretot perquè la base de dades PubMed es troba afectada per aquesta informació, ja que és un recurs del NCBI.

Per tal que els usuaris puguin seguir consultant PubMed i d’altres recursos d’aquesta institució, s’ha creat una pàgina web on s’indica amb quines versions dels navegadors hi haurà problemes per carregar les pàgines web d’aquesta institució, així com també recomana les versions que permetran la correcta visualització de la informació.

En aquesta web, anomenada Browser Advice for NCBI Web Pages, trobareu:

• dades del navegador que teniu instal·lat al vostre ordinador
• una taula amb els diferents navegadors –Internet Explorer, Firefox, Google Chrome, Safari i Opera– i les versions d’aquests navegadors que suporten les pàgines del NCBI, sempre tenint en compte els diferents sistemes operatius –Windows, Mac i Linux-.
• una llista dels possibles errors de navegació que us podreu trobar i com solventar-los: és a dir, què heu de fer si us trobeu avisos del tipus: “page expired” o qualsevol altre missatge d’error en la navegació.
• com activar el JavaScript i les Cookies, elements necessaris per a visualitzar correctament la base de dades PubMed.

Així doncs, us recomanem que dediqueu uns minuts per consultar la Browser Advice for NCBI Web Pages i verifiqueu si el vostre navegador us donarà -o no- problemes quan feu cerques a PubMed.
 

Cliqueu la imatge per veure la informació completa

El PMID (PubMed Identifier) és un número únic, que identifica cada un dels registres bibliogràfics de la base de dades PubMed. Fent una comparació podríem dir que és com la matrícula d’un cotxe o el codi de barres de cada llibre.
Podeu veure el PMID al final de cada registre PubMed.

Aquest número és important per dues qüestions:

• Alguns formularis estan parametritzats per tal reconèixer l’article de cada PMID, de manera que escrivint només el PMID el formulari completa automàticament les dades de l’article (autor, títol, revista, volum, any, núm. i pàgines). El sol·licitant només ha d’incloure les seves dades personals. El formulari del Servei de Préstec Interbibliotecari de la UAB reconeix automàticament el PMID

• D’altra banda amb el PMID podem “citar” de manera ràpida un article que ens interessi. No és tracta de fer una bibliografia escrivint només aquest dígit, però sí que podem enviar el número PMID a d’altres col·legues o col·laboradors. Llavors, el nostre interlocutor només haurà d’escriure el número de PMID a la barra de cerca de PubMed i veurà les dades de l’article que li hem enviat. Pot escriure un sol PMID o un conjunt amb la següent fòrmula:

númeropmid[uid] OR númeropmid[uid] OR númeropmid[uid]

Si  volem obtenir  un llistat de PMIDs d’una cerca completa el que hem de fer és, un cop fet aquesta cerca i triats els articles dins la llista, anar a Display Settings i escollir, dins la columna format, l’opció PMID List. Heus aquí:

Obtindrem així un senzill llistat de PMIDs dels registres escollits. Només caldrà fer un copia/enganxa al document de text, o al correu electrònic amb què estiguem treballant.

Bé, realment no és un número màgic com afirma el titular. Però és una dada realment útil i que sempre s’hauria de tenir en compte quan es fan cerques i es comparteix informació a PubMed.
 
 

A principis de maig la National Library of Medicine (NLM) comunicava que es preparava un canvi a PubMed: desapareixeria la funció “Limits”, i seria reemplaçada pels “Filters”, és a dir, que es deixa de limitar la cerca per passar a filtrar-la.

Aquest canvi s’ha fet efectiu, i ara ja podem emprar aquesta nova eina. A Medibloc us en volem explicar el funcionament, que és molt senzill.

Un cop feta la cerca a PubMed veureu que a la part esquerra de la pantalla de resultats apareix la barra de filtres, amb les opcions de filtre més comunes: Text availability, Publication dates, Article types i Languages.

Font: Elaboració pròpia	Podeu seleccionar els filtres que us interessin depenent dels objectius de la vostra cerca. A mida que els aneu seleccionant, la pantalla de resultats va variant en funció dels filtres triats.
	De cada tipus filtre, PubMed mostra les categories més habituals. Si necessiteu visualitzar més categories, clicant l’opció “More” apareix un desplegable on les veureu totes i podeu seleccionar les que més us interessin.
	Si necessiteu aplicar més filtres dels que inicialment proposa PubMed, amb l’opció “Choose additional filters” podreu escollir-ne d’altres que us ajudaran a obtenir un llistat de resultats pertinents a la vostra cerca.

Podeu seleccionar tants filtres i categories com us interessi.

Per tant, ja veieu que l’opció “Filters” té les mateixes funcionalitats que “Limits”, però amb una presentació més dinàmica i intuitiva.

PubMed ha inclòs una novetat dins del menú “Send to”: es tracta de l’opció “Citation Manager”, que desa els resultats de la cerca directament en format MEDLINE. Això permet que aquest arxiu es pugui exportar a qualsevol gestor de referències bibliogràfiques com, per exemple, Refworks.

Abans d’incorporar aquesta novetat, per exportar les referències de PubMed calia guardar els resultats en un arxiu i indicar explicitament que aquest arxiu es desés en format MEDLINE: si això no es feia així, després era impossible importar els registres des del gestor de referències.

Amb la nova opció “Citation Manager” PubMed permet que els usuaris s’estalviïn aquest darrer pas, ja que es desa l’arxiu en el format adequat i a punt per ésser incorporat al gestor de referències.

De tota manera, recordeu que si treballeu amb Refworks també podeu exportar els resultats de PubMed de manera senzilla a través de l’eina RefGrab-It, tal i com us indicàvem en un post anterior de Medibloc.

Font: Elaboració pròpia