Quantifying conformational changes in GPCRs : glimpse of a common functional mechanism
Dalton, James A. R. (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Neurociències)
Lans, Isaias (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Neurociències)
Giraldo, Jesús (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Neurociències)

Fecha:	2015
Resumen:	Background: G-protein-coupled receptors (GPCRs) are important drug targets and a better understanding of their molecular mechanisms would be desirable. The crystallization rate of GPCRs has accelerated in recent years as techniques have become more sophisticated, particularly with respect to Class A GPCRs interacting with G-proteins. These developments have made it possible for a quantitative analysis of GPCR geometrical features and binding-site conformations, including a statistical comparison between Class A GPCRs in active (agonist-bound) and inactive (antagonist-bound) states. Results: Here we implement algorithms for the analysis of interhelical angles, distances, interactions and binding-site volumes in the transmembrane domains of 25 Class A GPCRs (7 active and 18 inactive). Two interhelical angles change in a statistically significant way between average inactive and active states: TM3-TM6 (by -9°) and TM6-TM7 (by +12°). A third interhelical angle: TM5-TM6 shows a trend, changing by -9°. In the transition from inactive to active states, average van der Waals interactions between TM3 and TM7 significantly increase as the average distance between them decreases by.
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió publicada
Materia:	GPCR ; Quantify ; Conformational change ; Receptor activation ; Interhelical interaction ; Dihedral angle
Publicado en:	BMC bioinformatics, Vol. 16 N. 124 (April 2015) , p. 1-15, ISSN 1471-2105

DOI: 10.1186/s12859-015-0567-3
PMID: 25902715

15 p, 1.6 MB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias de la salud y biociencias > Institut de Neurociències (INc)
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados