MamPol : a database of nucleotide polymorphism in the Mammalia class
Egea, Raquel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Casillas Viladerrams, Sònia (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Fernández del Castillo, Enol (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
Senar Rosell, Miquel Àngel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
Barbadilla Prados, Antonio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)

Date:	2006
Abstract:	Multi-locus and multi-species nucleotide diversity studies would benefit enormously from a public database encompassing high-quality haplotypic sequences with their associated genetic diversity measures. MamPol, 'Mammalia Polymorphism Database', is a website containing all the well-annotated polymorphic sequences available in GenBank for the Mammalia class grouped by name of organism and gene. Diversity measures of single nucleotide polymorphisms are provided for each set of haplotypic homologous sequences, including polymorphism at synonymous and non-synonymous sites, linkage disequilibrium and codon bias. Data gathering, calculation of diversity measures and daily updates are automatically performed using PDA software. The MamPol website includes several interfaces for browsing the contents of the database and making customizable comparative searches of different species or taxonomic groups. It also contains a set of tools for simple re-analysis of the available data and a statistics section that is updated daily and summarizes the contents of the database. MamPol is available at and can be downloaded via FTP.
Grants:	Ministerio de Ciencia y Tecnología BES-2003-0416 Ministerio de Educación y Ciencia BFU2006-08640/BMC Ministerio de Educación y Ciencia TIN 2004-03388 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2005FI-00328
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original.
Language:	Anglès
Document:	Ressenya ; recerca ; Versió publicada
Published in:	Nucleic acids research, Vol. 35, Issue suppl. 1 (January 2007) , p. D624-D629, ISSN 1362-4962

DOI: 10.1093/nar/gkl833
PMID: 17142236
PMID: 17142236

6 p, 331.8 KB

The record appears in these collections:
Articles > Research articles
Articles > Published articles
Articles > Reviews