Web of Science: 46 cites, Scopus: 40 cites, Google Scholar: cites,
Genome and transcriptome analysis of the Mesoamerican common bean and the role of gene duplications in establishing tissue and temporal specialization of genes
Vlasova, Anna (Centre de Regulació Genòmica)
Capella-Gutiérrez, Salvador (Centre de Regulació Genòmica)
Rendón-Anaya, Martha (Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad)
Hernández-Oñate, Miguel (Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad)
Minoche, André E. (Garvan Institute of Medical Research)
Erb, Ionas (Centre de Regulació Genòmica)
Câmara, Francisco (Centre de Regulació Genòmica)
Prieto-Barja, Pablo (Centre de Regulació Genòmica)
Corvelo, André (New York Genome Center)
Sanseverino, Walter (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Westergaard, Gastón (Instituto de Agrobiotecnología Rosario)
Dohm, Juliane C. (Universität für Bodenkultur)
Pappas, Georgios J. (Universidade de Brasília. Departamento de Biologia Celular)
Saburido-Alvarez, Soledad (Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad)
Kedra, Darek (Centre de Regulació Genòmica)
Gonzalez, Irene (Universitat Pompeu Fabra)
Cozzuto, Luca (Centre de Regulació Genòmica)
Gómez-Garrido, Jessica (Universitat Pompeu Fabra)
Aguilar-Morón, María A. (Universitat Pompeu Fabra)
Andreu, Nuria (Universitat Pompeu Fabra)
Aguilar, O. Mario (Universidad Nacional de La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular)
Garcia Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Zehnsdorf, Maik (Universitat Pompeu Fabra)
Vázquez, Martín P. (Instituto de Agrobiotecnología Rosario)
Delgado-Salinas, Alfonso (Universidad Nacional Autónoma de México. Departamento de Botánica)
Delaye, Luis (Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del I.P.N. Unidad Irapuato. Departamento de Ingeniería Genética)
Lowy, Ernesto (European Bioinformatics Institute)
Mentaberry, Alejandro (Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales)
Vianello-Brondani, Rosana P. (Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária)
García, José Luís (Centro Superior de Investigaciones Científicas. Departamento de Biología Ambiental)
Alioto, Tyler (Centre de Regulació Genòmica)
Sánchez, Federico (Universidad Nacional Autónoma de México. Departamento de Biología Molecular de Plantas)
Himmelbauer, Heinz (Universität für Bodenkultur)
Santalla, Marta (Centro Superior de Investigaciones Científicas. Mision Biológica de Galicia)
Notredame, Cedric (Universitat Pompeu Fabra)
Gabaldón, Toni (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats)
Herrera-Estrella, Alfredo (centro de Investigación y de Estudios Avanzados del I.P.N. Unidad Irapuato. Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad)
Guigó, Roderic (Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques)

Data: 2016
Resum: Legumes are the third largest family of angiosperms and the second most important crop class. Legume genomes have been shaped by extensive large-scale gene duplications, including an approximately 58 million year old whole genome duplication shared by most crop legumes. We report the genome and the transcription atlas of coding and non-coding genes of a Mesoamerican genotype of common bean (Phaseolus vulgaris L. , BAT93). Using a comprehensive phylogenomics analysis, we assessed the past and recent evolution of common bean, and traced the diversification of patterns of gene expression following duplication. We find that successive rounds of gene duplications in legumes have shaped tissue and developmental expression, leading to increased levels of specialization in larger gene families. We also find that many long non-coding RNAs are preferentially expressed in germ-line-related tissues (pods and seeds), suggesting that they play a significant role in fruit development. Our results also suggest that most bean-specific gene family expansions, including resistance gene clusters, predate the split of the Mesoamerican and Andean gene pools. The genome and transcriptome data herein generated for a Mesoamerican genotype represent a counterpart to the genomic resources already available for the Andean gene pool. Altogether, this information will allow the genetic dissection of the characters involved in the domestication and adaptation of the crop, and their further implementation in breeding strategies for this important crop. The online version of this article (doi:10. 1186/s13059-016-0883-6) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Nota: Número d'acord de subvenció MINECO/SEV-2012-0208
Nota: Número d'acord de subvenció MINECO/BIO2011-26205
Nota: Número d'acord de subvenció MINECO/EUI2009-04052
Drets: Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original. Creative Commons
Llengua: Anglès.
Document: article ; recerca ; publishedVersion
Matèria: Common bean ; BAT93 ; Gene duplication ; Tissue expression ; Transcriptome ; Lncrnas
Publicat a: Genome biology, Vol. 17 (2016) , art. 32, ISSN 1474-760X

PMID: 26911872
DOI: 10.1186/s13059-016-0883-6


18 p, 3.4 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > CRAG (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats

 Registre creat el 2018-02-07, darrera modificació el 2019-02-06



   Favorit i Compartir