Approaching long genomic regions and large recombination rates with msParSm as an alternative to MaCS
Montemuiño, Carlos (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
Espinosa, Antonio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
Moure, Juan C (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
Vera Rodríguez, Gonzalo (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Hernández Budé, Porfidio (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament d'Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius)
Ramos-Onsins, Sebastian (Centre de Recerca en Agrigenòmica)

Fecha:	2016
Resumen:	The msParSm application is an evolution of msPar, the parallel version of the coalescent simulation program ms, which removes the limitation for simulating long stretches of DNA sequences with large recombination rates, without compromising the accuracy of the standard coalescence. This work introduces msParSm, describes its significant performance improvements over msPar and its shared memory parallelization details, and shows how it can get better, if not similar, execution times than MaCS. Two case studies with different mutation rates were analyzed, one approximating the human average and the other approximating the Drosophila melanogaster average. Source code is available at https://github. com/cmontemuino/msparsm.
Ayudas:	Ministerio de Ciencia y Tecnología TIN2014-53234-C2-1-R Ministerio de Ciencia y Tecnología AGL2013-41834-R
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió publicada
Materia:	Coalescence ; Recombination ; Sequential Markov coalescent ; HPC ; MPI
Publicado en:	Evolutionary bioinformatics online, Vol. 12 (Oct. 2016) , p. 223-228, ISSN 1176-9343

DOI: 10.4137/EBO.S40268
PMID: 27721650

6 p, 1.2 MB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias > CRAG (Centro de Investigación en Agrigenómica)
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados