Single-cell transcriptome conservation in cryopreserved cells and tissues
Guillaumet-Adkins, Amy (Centre de Regulació Genòmica)
Rodríguez-Esteban, Gustavo (Centre de Regulació Genòmica)
Mereu, Elisabetta (Centre de Regulació Genòmica)
Mendez-Lago, Maria (Centre de Regulació Genòmica)
Jaitin, Diego A. (Weizmann Institute of Science (Israel). Department of Immunology)
Villanueva, Alberto (Hospital Universitari de Bellvitge)
Vidal, August (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge)
Martinez-Marti, Alex (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Medicina)
Felip, Enriqueta (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Medicina)
Vivancos, Ana (Vall d'Hebron Institut d'Oncologia)
Keren-Shaul, Hadas (Weizmann Institute of Science (Israel). Department of Immunology)
Heath, Simon (Centre de Regulació Genòmica)
Gut, Marta (Centre de Regulació Genòmica)
Amit, Ido (Weizmann Institute of Science (Israel). Department of Immunology)
Gut, Ivo (Centre de Regulació Genòmica)
Heyn, Holger (Centre de Regulació Genòmica)

Data:	2017
Resum:	A variety of single-cell RNA preparation procedures have been described. So far, protocols require fresh material, which hinders complex study designs. We describe a sample preservation method that maintains transcripts in viable single cells, allowing one to disconnect time and place of sampling from subsequent processing steps. We sequence single-cell transcriptomes from >1000 fresh and cryopreserved cells using 3'-end and full-length RNA preparation methods. Our results confirm that the conservation process did not alter transcriptional profiles. This substantially broadens the scope of applications in single-cell transcriptomics and could lead to a paradigm shift in future study designs.
Nota:	Altres ajuts: The research leading to these results received funding from the Olga Torres Foundation. AlV is supported by the Fondo de Investigaciones Sanitarias FIS (PI13-01339), Fundación Mutua Madrileña AP150932014 and the Asociación Española Contra el Cáncer (AECC)-Barcelona. HH is a Miguel Servet (CP14/00229) researcher funded by the Spanish Institute of Health Carlos III (ISCIII). Core funding is from the ISCIII and the Generalitat de Catalunya.
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Single-cell genomics ; RNA sequencing ; Transcriptomics ; MARS-Seq ; Smart-seq2 ; Cryopreservation ; Conservation ; Peripheral blood mononuclear cells ; PBMC ; Patient-derived orthotopic xenograft ; PDOX
Publicat a:	Genome biology, Vol. 18 (march 2017) , ISSN 1474-760X

DOI: 10.1186/s13059-017-1171-9
PMID: 28249587

15 p, 3.0 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats