Transposons played a major role in the diversification between the closely related almond and peach genomes : Results from the almond genome sequence
Alioto, Tyler Scott (Centre de Regulació Genòmica)
Alexiou, Konstantinos G. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Bardil, Amélie (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Barteri, Fabio (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Cruz, Fernando (Centre de Regulació Genòmica)
Dhingra, Amit (Washington State University. Department of Horticulture)
Duval, Henri (Institut National de la Recherche Agronomique (França))
Fernández i Martí, Angel (University of California)
Frias, Leonor (Centre de Regulació Genòmica)
Galán, Beatriz (Consejo Superior de Investigaciones Científicas)
García, José Luis (Consejo Superior de Investigaciones Científicas)
Howad, Werner (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Gómez-Garrido, Jessica (Centre de Regulació Genòmica)
Gut, Marta (Centre de Regulació Genòmica)
Julca, Irene (Centre de Regulació Genòmica)
Morata, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Puigdomènech, Pere, 1948- (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Ribeca, Paolo (Centre de Regulació Genòmica)
Rubio Cabetas, María José (Centro de Investigación y Tecnología Agroalimentaria de Aragón)
Vlasova, Anna (Centre de Regulació Genòmica)
Wirthensohn, Michelle (The University of Adelaide. School of Agriculture, Food and Wine)
Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Gabaldón, Toni (Centre de Regulació Genòmica)
Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Arús i Gorina, Pere (Centre de Recerca en Agrigenòmica)

Fecha:	2020
Resumen:	We sequenced the genome of the highly heterozygous almond Prunus dulcis cv. Texas combining short and long-read sequencing. We obtained a genome assembly totaling 227. 6 Mb of the estimated 238 Mb almond genome size, of which 91% is anchored to eight pseudomolecules corresponding to its haploid chromosome complement, and annotated 27,969 protein-coding genes and 6,747 non-coding transcripts. By phylogenomic comparison with the genomes of 16 additional close and distant species we estimated that almond and peach (P. persica) diverged around 5. 88 Mya. These two genomes are highly syntenic and show a high degree of sequence conservation (20 nucleotide substitutions/kb). However, they also exhibit a high number of presence/absence variants, many attributable to the movement of transposable elements (TEs). TEs have generated an important number of presence/absence variants between almond and peach, and we show that the recent history of TE movement seems markedly different between them. TEs may also be at the origin of important phenotypic differences between both species, and in particular, for the sweet kernel phenotype, a key agronomic and domestication character for almond. Here we show that in sweet almond cultivars, highly methylated TE insertions surround a gene involved in the biosynthesis of amygdalin, whose reduced expression has been correlated with the sweet almond phenotype. Altogether, our results suggest a key role of TEs in the recent history and diversification of almond and its close relative peach.
Ayudas:	Ministerio de Economía y Competitividad AGL2012-40228-C02-01 Ministerio de Economía y Competitividad AGL2015-68329-R Ministerio de Economía y Competitividad AGL2016-78992-R Ministerio de Economía y Competitividad RTA2015-00050-00-00 Ministerio de Economía y Competitividad SEV-2015-0533
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió acceptada per publicar
Materia:	Prunus dulcis ; Prunus persica ; Genome sequence ; Variability ; Divergence ; Indels ; Transposable elements ; Crop evolution ; Seed bitterness
Publicado en:	The Plant journal, Vol. 101, Issue 2 (January 2020) , p. 455-472, ISSN 1365-313X

DOI: 10.1111/tpj.14538
PMID: 31529539

Postprint 50 p, 962.3 KB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias > CRAG (Centro de Investigación en Agrigenómica)
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados