|
1.
|
|
12 p, 2.6 MB |
Transposable element polymorphisms improve prediction of complex agronomic traits in rice
/
Vourlaki, Ioanna-Theoni (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Ramos-Onsins, Sebastián E. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Casacuberta i Suñer, Josep M 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Perez-Enciso, Miguel (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Patologia i de Producció Animals) ;
Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Key message: Transposon insertion polymorphisms can improve prediction of complex agronomic traits in rice compared to using SNPs only, especially when accessions to be predicted are less related to the training set. [...]
2022 -  10.1007/s00122-022-04180-2
Theoretical and Applied Genetics, Vol. 135, Issue 9 (September 2022) , p. 3211-3222
|
|
|
2.
|
|
|
3.
|
|
15 p, 2.6 MB |
Drosophila Interspecific Hybridization Causes a Deregulation of the piRNA Pathway Genes
/
Gámez Visairas, Víctor (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Romero-Soriano, Valèria (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Martí-Carreras, Joan (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Segarra-Carrillo, Eila (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
García Guerreiro, María Pilar (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Almost all eukaryotes have transposable elements (TEs) against which they have developed defense mechanisms. In the Drosophila germline, the main transposable element (TE) regulation pathway is mediated by specific Piwi-interacting small RNAs (piRNAs). [...]
2020 - 10.3390/genes11020215
Genes, Vol. 11, Issue 2 (February 2020) , art. 215
|
|
|
4.
|
|
21 p, 653.7 KB |
Genomics of evolutionary novelty in hybrids and polyploids
/
Nieto Feliner, Gonzalo (Real Jardín Botánico. Departamento de Biodiversidad y Conservación) ;
Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Wendel, Jonathan F. (Iowa State University. Department of Ecology, Evolution, and Organismal Biology (USA))
It has long been recognized that hybridization and polyploidy are prominent processes in plant evolution. Although classically recognized as significant in speciation and adaptation, recognition of the importance of interspecific gene flow has dramatically increased during the genomics era, concomitant with an unending flood of empirical examples, with or without genome doubling. [...]
2020 - 10.3389/fgene.2020.00792
Frontiers in genetics, Vol. 11 (July 2020) , art. 792
|
|
|
5.
|
|
28 p, 2.6 MB |
Functional impact and evolution of a novel human polymorphic inversion that disrupts a gene and creates a fusion transcript
/
Puig Font, Marta (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Castellano Esteve, David (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Pantano, Lorena (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Giner-Delgado, Carla (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Izquierdo Fontanills, David (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Gayà Vidal, Magdalena (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Lucas Lledó, José Ignacio (Universitat de València. Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva) ;
Esko, Tõnu (Estonian Genome Center) ;
Terao, Chikashi (Kyoto University Graduate School of Medicine) ;
Matsuda, Fumihiko (Center for Genomic Medicine. Kyoto University Graduate School of Medicine) ;
Cáceres Aguilar, Mario (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Despite many years of study into inversions, very little is known about their functional consequences, especially in humans. A common hypothesis is that the selective value of inversions stems in part from their effects on nearby genes, although evidence of this in natural populations is almost nonexistent. [...]
2015 - 10.1371/journal.pgen.1005495
PLoS Genetics, Vol. 11, issue 10 (2015) , art. e1005495
|
|
|
6.
|
|
10 p, 596.5 KB |
PeSV-fisher : identification of somatic and non-somatic structural variants using next generation sequencing data
/
Escaramis, Georgia (Centre de Regulació Genòmica) ;
Tornador, Cristian (Centre de Regulació Genòmica) ;
Bassaganyas, Laia (Centre de Regulació Genòmica) ;
Rabionet, Raquel (Centre de Regulació Genòmica) ;
Tubio, Jose M. C. (Centre de Regulació Genòmica) ;
Martínez-Fundichely, Alexander (Centre de Regulació Genòmica) ;
Cáceres Aguilar, Mario (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí") ;
Gut, Marta (Centre Nacional d'Anàlisi Genòmica) ;
Ossowski, Stephan (Centre de Regulació Genòmica) ;
Estivill, Xavier (Centre de Regulació Genòmica)
Next-generation sequencing technologies expedited research to develop efficient computational tools for the identification of structural variants (SVs) and their use to study human diseases. As deeper data is obtained, the existence of higher complexity SVs in some genomes becomes more evident, but the detection and definition of most of these complex rearrangements is still in its infancy. [...]
2013 - 10.1371/journal.pone.0063377
PloS one, Vol. 8 issue 5 (2013) , art. e63377
|
|
|
7.
|
|
|
8.
|
|
50 p, 962.3 KB |
Transposons played a major role in the diversification between the closely related almond and peach genomes : Results from the almond genome sequence
/
Alioto, Tyler Scott (Centre de Regulació Genòmica) ;
Alexiou, Konstantinos G. (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Bardil, Amélie (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Barteri, Fabio (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Castanera, Raúl (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Cruz, Fernando (Centre de Regulació Genòmica) ;
Dhingra, Amit (Washington State University. Department of Horticulture) ;
Duval, Henri (Institut National de la Recherche Agronomique (França)) ;
Fernández i Martí, Angel (University of California) ;
Frias, Leonor (Centre de Regulació Genòmica) ;
Galán, Beatriz (Consejo Superior de Investigaciones Científicas) ;
García, José Luis (Consejo Superior de Investigaciones Científicas) ;
Howad, Werner (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Gómez-Garrido, Jessica (Centre de Regulació Genòmica) ;
Gut, Marta (Centre de Regulació Genòmica) ;
Julca, Irene (Centre de Regulació Genòmica) ;
Morata, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Puigdomènech, Pere, 1948- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Ribeca, Paolo (Centre de Regulació Genòmica) ;
Rubio Cabetas, María José (Centro de Investigación y Tecnología Agroalimentaria de Aragón) ;
Vlasova, Anna (Centre de Regulació Genòmica) ;
Wirthensohn, Michelle (The University of Adelaide. School of Agriculture, Food and Wine) ;
Garcia-Mas, Jordi (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Gabaldón, Toni (Centre de Regulació Genòmica) ;
Casacuberta i Suñer, Josep M. 1962- (Centre de Recerca en Agrigenòmica) ;
Arús i Gorina, Pere (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
We sequenced the genome of the highly heterozygous almond Prunus dulcis cv. Texas combining short and long-read sequencing. We obtained a genome assembly totaling 227. 6 Mb of the estimated 238 Mb almond genome size, of which 91% is anchored to eight pseudomolecules corresponding to its haploid chromosome complement, and annotated 27,969 protein-coding genes and 6,747 non-coding transcripts. [...]
2020 - 10.1111/tpj.14538
The Plant journal, Vol. 101, Issue 2 (January 2020) , p. 455-472
|
|
|
9.
|
|
21 p, 2.0 MB |
Transposable element misregulation is linked to the divergence between parental piRNA pathways in Drosophila hybrids
/
Romero-Soriano, Valèria (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Modolo, Laurent (Université Claude Bernard. Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive) ;
Lopez-Maestre, Hélène (Université Claude Bernard. Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive) ;
Mugat, Bruno (Université de Montpellier. Institut de Génétique Humaine) ;
Pessia, Eugénie (Université Claude Bernard. Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive) ;
Chambeyron, Séverine (Université de Montpellier. Institut de Génétique Humaine) ;
Vieira, Cristina (Université Claude Bernard. Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive) ;
García Guerreiro, María Pilar (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Interspecific hybridization is a genomic stress condition that leads to the activation of transposable elements (TEs) in both animals and plants. In hybrids between Drosophila buzzatii and Drosophila koepferae, mobilization of at least 28 TEs has been described. [...]
2017 - 10.1093/gbe/evx091
Genome biology and evolution, Vol. 9, Issue 6 (June 2017) , p. 1450-1470
|
|
|
10.
|
|
14 p, 1.6 MB |
Exploration of the Drosophila buzzatii transposable element content suggests underestimation of repeats in Drosophila genomes
/
Rius Camps, Nuria (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Guillén, Yolanda (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Delprat Obeaga, Alejandra (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia) ;
Kapusta, Aurélie (University of Utah School of Medicine. Department of Human Genetics) ;
Feschotte, Cédric (University of Utah School of Medicine. Department of Human Genetics) ;
Ruiz, Alfredo, (Ruiz Panadero) (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Many new Drosophila genomes have been sequenced in recent years using new-generation sequencing platforms and assembly methods. Transposable elements (TEs), being repetitive sequences, are often misassembled, especially in the genomes sequenced with short reads. [...]
2016 - 10.1186/s12864-016-2648-8
BMC genomics, Vol. 17 (2016) , art. 344
|
|
visitante ::
identificación
alerta personal vía correo electrónico o subscríbase al 
canal RSS.
