Development of retrotransposon-based markers IRAP and REMAP for cassava (Manihot esculenta)
Kuhn, B. C. (Universidade Estadual de Maringá)
Mangolin, Claudete A. (Universidade Estadual de Maringá. Departamento de Biologia Celular e Genética)
Souto, Eliezer R. (Universidade Estadual de Maringá. Departamento de Agronomia)
Vicient Sánchez, Carlos M. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Machado, M. F. P. S. (Universidade Estadual de Maringá. Departamento de Biologia Celular e Genética)

Data:	2016
Resum:	Retrotransposons are abundant in the genomes of plants. In the present study, inter-retrotransposon amplified polymorphism (IRAP) and retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism (REMAP) markers were developed for the cassava genome (Manihot esculenta Crantz). Four cassava cultivars (Fécula Branca, IPR-União, Olho Junto, and Tamboara, two samples per cultivar) were used to obtain IRAP and REMAP fingerprints. Twelve designed primers were amplified alone and in combinations. The 42 IRAP/REMAP primer combinations amplified 431 DNA segments (bands; markers) of which 36 (8. 36%) were polymorphic. The largest number of informative markers (16) was detected using the primers AYF2 and AYF2xAYF4. The number of bands for each primer varied from 3 to 16, with an average of 10. 26 amplified segments per primer. The size of the amplified products ranged between 100 and 7000 bp. The AYF2 primer generated the highest number of amplified segments and showed the highest number of polymorphic bands (68. 75%). Two samples of each cassava cultivar were used to illustrate the usefulness and the polymorphism of IRAP/REMAP markers. IRAP and REMAP markers produced a high number of reproducible bands, and might be informative and reliable for investigation of genetic diversity and relationships among cassava cultivars.
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra, i la creació d'obres derivades, sempre que no sigui amb finalitats comercials i que es distribueixin sota la mateixa llicència que regula l'obra original. Cal que es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Retrotransposons ; Cassava ; Diversity ; Primer design
Publicat a:	Genetics and molecular research, Vol. 15, Issue 2 (April 2016) , art. 15027149, ISSN 1676-5680

DOI: 10.4238/gmr.15027149

10 p, 531.1 KB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > CRAG (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats