Quantitative analysis of somatically acquired and constitutive uniparental disomy in gastrointestinal cancers
Torabi Asensio, Keyvan (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)
Erola, Pau. (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas)
Álvarez-Mora, María Isabel (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Raras)
Díaz-Gay, Marcos (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas)
Ferrer Menduiña, Queralt (Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer)
Castells, Antoni (Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer)
Castellví-Bel, Sergi (Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer)
Milà, Montserrat (Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer)
Lozano, Juan José (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas)
Miró, Rosa (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Ried, Thomas (National Institutes of Health (Bethesda, Estats Units d'Amèrica). Center for Cancer Genomics)
Ponsa Arjona, Immaculada (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)
Camps, Jordi (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Cel·lular, de Fisiologia i d'Immunologia)

Data:	2019
Resum:	Somatically acquired uniparental disomies (aUPDs) are frequent events in solid tumors and have been associated with cancer-related genes. Studies assessing their functional consequences across several cancer types are therefore necessary. Here, we aimed at integrating aUPD profiles with the mutational status of cancer-related genes in a tumor-type specific manner. Using TCGA datasets for 1,032 gastrointestinal cancers, including colon (COAD), rectum (READ), stomach (STAD), esophageal adenocarcinoma (EAC) and esophageal squamous cell carcinoma (ESCC), we show a non-random distribution of aUPD, suggesting the existence of a cancer-specific landscape of aUPD events. Our analysis indicates that aUPD acts as a "second hit" in Knudson's model in order to achieve biallelic inactivation of tumor suppressor genes. In particular, APC , ARID1A and NOTCH1 were recurrently inactivated by the presence of homozygous mutation as a consequence of aUPD in COAD and READ, STAD and ESCC, respectively. Furthermore, while TP53 showed inactivation caused by aUPD at chromosome arm 17p across all tumor types, copy number losses at this genomic position were also frequent. By experimental and computationally inferring genome ploidy, we demonstrate that an increased number of aUPD events, both affecting the whole chromosome or segments of it, were present in highly aneuploid genomes compared to near-diploid tumors. Finally, the presence of mosaic UPD was detected at a higher frequency in DNA extracted from peripheral blood lymphocytes of patients with colorectal cancer compared to healthy individuals. In summary, our study defines specific profiles of aUPD in gastrointestinal cancers and provides unequivocal evidence of their relevance in cancer.
Ajuts:	Ministerio de Economía y Competitividad ISCIII/CP13/00160 Ministerio de Economía y Competitividad ISCIII/PI14/00783 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-1035 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-1134 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-1796 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-21 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/FI_B 00619
Nota:	Altres ajuts: GCB13131592CAST de la Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer; PERIS (SLT002/16/00398, Generalitat de Catalunya)
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Uniparental disomy ; Copy-number alterations ; Gastrointestinal cancers ; Single nucleotide variants ; Ploidy ; Mosaicism
Publicat a:	International Journal of Cancer, Vol. 144, issue 3 (Feb. 2019) , p. 513-524, ISSN 1097-0215

DOI: 10.1002/ijc.31936
PMID: 30350313

12 p, 2.6 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències de la salut i biociències > Institut de Biotecnologia i de Biomedicina (IBB)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats