| Additional title: |
Biomolecular Simulation |
| Additional title: |
Simulación Biomolecular |
| Date: |
2021-22 |
| Abstract: |
L' objectiu d'aquesta assignatura és introduir l'alumnat als principis bàsics de la simulació biomolecular que permet interpretar a nivell atòmic com es desenvolupen els processos biològics i les aplicacions biomèdiques i biotecnològiques de les biomolècules (fàrmacs, nanopartícules, vacunes. . . ). La simulació biomolecular es basa en un procés de modelització molecular del sistema biològic o biomolècula que implica una sèrie d'etapes que es treballaran en aquest curs tant a nivell teòric com pràctic, en un equilibri entre conceptes, fonaments físics i pràctiques: 1) Càlcul de l'energia del sistema donada una determinada disposició (estructura 3D) dels seus àtoms i molècules mitjançant mètodes de la Mecànica Molecular i la Mecànica Quàntica; 2) Estudi de les tècniques computacionals que permeten determinar com l'energia del sistema varia en funció de les seves coordenades: a) Tècniques de Docking; b) Tècniques de minimització de l'energia; 1 c) Tècniques de Dinàmica Molecular; d) Mètodes de càlcul de l'energia lliure. Paral·lelament es farà ús d'aquestes diferents metodologies tant en l'estudi d'aspectes bàsics de les biomolècules i les seves funcions, com en aplicacions al disseny de fàrmacs i a l'estudi de la catàlisi enzimàtica. |
| Abstract: |
This course has as main objective to introduce students to the basic principles of biomolecular simulations that allow the interpretation at the atomic level of how biological processes take place and of the biomedical and biotechnological applications of biomolecules (drugs, nanoparticles, vaccines. . . ). Biomolecular simulations are based on the molecular modeling of the biological system or biomolecule of interest. This modeling involves a series of steps that will be explained in this course both theoretically and in practices, in a balanced equilibrium between concepts, physical equations and on-hands lab: 1) Calculation of the energy of the system as a function of the coordinates (3D structure) of its atoms and molecules by means of Molecular Mechanics and Quantum Mechanics methods; 2) Study of the computational techniques that allow to determine how the energy of the system varies according to its coordinates: a) Docking techniques; b) Techniques to minimize the energy; c) Molecular Dynamics simulations; d) Methods to calculate free energies. 1 d) Methods to calculate free energies. These different methodologies will be used to study basic biological aspects of biomolecules, as well as in applications for drug design and the study of enzymatic catalysis. |
| Abstract: |
El objetivo de esta asignatura es introducir al alumnado los principios básicos de la simulación biomolecular como herramienta para interpretar a nivel atómico como se desarrollan los procesos biológicos y las aplicaciones biomédicas y biotecnológicas de las biomoléculas (fármacos, nanopartículas, vacunas. . . ). La simulación biomolecular se basa en la modelización molecular del sistema biológico o biomolécula, lo que implica una serie de etapas que es trabajaran en este curso tanto a nivel teórico como práctico, en un equilibrio entre conceptos, fundamentos físicos y práctica: 1) Cálculo de la energía del sistema para una disposición (estructura 3D) dada de sus átomos y moléculas utilizando métodos de la Mecánica Molecular y de la Mecánica Cuántica; 2) Estudio de las técnicas computacionales que permiten determinar la variación de la energía del sistema en función de sus coordenadas: a) Técnicas de Docking; b) Técnicas de minimización de la energía; 1 c) Técnicas de Dinámica Molecular; d) Métodos de cálculo de la energía libre. Paralelamente se utilizaran dichos métodos tanto para el estudio de aspectos básicos de las biomoléculas y sus funciones, como en aplicaciones al diseño de fármacos y al estudio de la catálisis enzimática. |
| Rights: |
Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.  |
| Language: |
Català, anglès, castellà |
| Studies: |
Química [2502444] |
| Study plan: |
Grau en Física i Grau en Química [1287] ; Grau en Química [1431] ; Grau en Física i Grau en Química [1434] ; Grau en Química [953] |
| Document: |
Objecte d'aprenentatge |
guest ::
