Long-read metagenomics retrieves complete single-contig bacterial genomes from canine feces

Web of Science: 34 cites, Scopus: 36 cites, Google Scholar: cites,

(Vetgenòmics, SL)
Pérez, Daniel

(Universitat Autònoma de Barcelona. Servei Veterinari de Genètica Molecular)
Viñes, Joaquim

(Universitat Autònoma de Barcelona. Servei Veterinari de Genètica Molecular)
Fábregas, Norma

(Vetgenòmics, SL)
Francino, Olga

(Universitat Autònoma de Barcelona. Servei Veterinari de Genètica Molecular)

Data:	2021
Resum:	Long-read sequencing in metagenomics facilitates the assembly of complete genomes out of complex microbial communities. These genomes include essential biologic information such as the ribosomal genes or the mobile genetic elements, which are usually missed with short-reads. We applied long-read metagenomics with Nanopore sequencing to retrieve high-quality metagenome-assembled genomes (HQ MAGs) from a dog fecal sample. We used nanopore long-read metagenomics and frameshift aware correction on a canine fecal sample and retrieved eight single-contig HQ MAGs, which were.
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Long-read metagenomics ; Gastrointestinal microbiome ; Fecal microbiome ; Long-reads ; Nanopore ; Canine microbiome ; Dog microbiome ; Metagenome-assembled genomes ; Sutterella
Publicat a:	BMC genomics, Vol. 22 (may 2021) , ISSN 1471-2164

15 p, 2.4 MB

Registre creat el 2022-02-20, darrera modificació el 2026-01-16