HuConTest : Testing Human Contamination in Great Ape Samples
Kuhlwilm, Martin (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Fontsere, Claudia (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Han, Sojung 1984- (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Alvarez-Estape, Marina (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona))
Marques-Bonet, Tomas 1975- (Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont)

Data:	2021
Resum:	Modern human contamination is a common problem in ancient DNA studies. We provide evidence that this issue is also present in studies in great apes, which are our closest living relatives, for example in noninvasive samples. Here, we present a simple method to detect human contamination in short-read sequencing data from different species: HuConTest. We demonstrate its feasibility using blood and tissue samples from these species. This test is particularly useful for more complex samples (such as museum and noninvasive samples) which have smaller amounts of endogenous DNA, as we show here.
Ajuts:	Ministerio de Ciencia e Innovación PRE2018-083966 European Commission 864203 Agencia Estatal de Investigación BFU2017-86471-P Agencia Estatal de Investigación CEX2018-000792-M Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-880
Nota:	Altres ajuts: "la Caixa" Foundation (ID 100010434)
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Matèria:	Contamination ; Nonhuman primates ; Next-generation sequencing ; Fecal DNA ; Ancient DNA
Publicat a:	Genome biology and evolution, Vol. 13, Issue 6 (June 2021) , art. evab117, ISSN 1759-6653

DOI: 10.1093/gbe/evab117
PMID: 34038549

5 p, 650.3 KB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont (ICP)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats