guest ::
| Home > Articles > Published articles > HuConTest : |
| Home > Articles > Published articles > HuConTest : |
(Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) (Institut de Biologia Evolutiva (UPF-CSIC) (Barcelona)) (Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont)| Date: | 2021 |
| Abstract: | Modern human contamination is a common problem in ancient DNA studies. We provide evidence that this issue is also present in studies in great apes, which are our closest living relatives, for example in noninvasive samples. Here, we present a simple method to detect human contamination in short-read sequencing data from different species: HuConTest. We demonstrate its feasibility using blood and tissue samples from these species. This test is particularly useful for more complex samples (such as museum and noninvasive samples) which have smaller amounts of endogenous DNA, as we show here. |
| Grants: | Ministerio de Ciencia e Innovación PRE2018-083966 European Commission 864203 Agencia Estatal de Investigación BFU2017-86471-P Agencia Estatal de Investigación CEX2018-000792-M Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-880 |
| Note: | Altres ajuts: "la Caixa" Foundation (ID 100010434) |
| Rights: | Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.  |
| Language: | Anglès |
| Document: | Article ; recerca ; Versió publicada |
| Subject: | Contamination ; Nonhuman primates ; Next-generation sequencing ; Fecal DNA ; Ancient DNA |
| Published in: | Genome biology and evolution, Vol. 13, Issue 6 (June 2021) , art. evab117, ISSN 1759-6653 |
