SNP+ to predict dropout rates in SNP arrays
Sastre Alaiz, Natalia (Universitat Autònoma de Barcelona. Servei Veterinari de Genètica Molecular (SVGM))
Mercadé Carceller, Anna (Universitat Autònoma de Barcelona. Servei Veterinari de Genètica Molecular (SVGM))
Casellas Vidal, Joaquim (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Ciència Animal i dels Aliments)

Fecha:	2023
Resumen:	Genotyping individuals using forensic or non-invasive samples such as hair or fecal samples increases the risk of allelic amplification failure (dropout) due to the low quality and quantity of DNA. One way to decrease genotyping errors is to increase the number of replicates per sample. Here, we have developed the software SNP+ to estimate the dropout probability and the subsequent required number of replicates to obtain the reliable genotype with probability 95%. Moreover, the software predicts the minor allele frequency and compares two competing models assuming equal or allele-specific dropout probabilities by Bayes factor. The software handles data from one SNP to high density arrays (e. g. , 100,000 SNPs).
Nota:	Altres ajuts: acords transformatius de la UAB. Altres ajuts: LoupO project (EFA354/19) of the European Interreg Program V-A Spain-France-Andorra (POCTEFA 2014-2020)
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió publicada
Materia:	SNP ; Software ; Dropout ; Forensic samples
Publicado en:	Conservation Genetics Resources, Vol. 15 Núm. 3 (september 2023) , p. 113-116, ISSN 1877-7260

DOI: 10.1007/s12686-023-01309-3

4 p, 806.2 KB

El registro aparece en las colecciones:
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados