Implications of noncoding regulatory functions in the development of insulinomas
Ramos-Rodríguez, Mireia (Universitat Pompeu Fabra)
Subirana Granés, Marc (Universitat Pompeu Fabra)
Norris, Richard (Universitat Pompeu Fabra)
Sordi, Valeria (IRCCS San Raffaele Scientific Institute (Milà, Itàlia))
Fernández, Esteve (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge)
Fuentes-Páez, Georgina (Universitat Pompeu Fabra)
Pérez-González, Beatriz (Universitat Pompeu Fabra)
Berenguer Balaguer, Clara (Universitat Pompeu Fabra)
Raurell-Vila, Helena (Universitat Pompeu Fabra)
Chowdhury, Murad (University of Colorado Boulder)
Corripio, Raquel (Parc Taulí Hospital Universitari. Institut d'Investigació i Innovació Parc Taulí (I3PT))
Partelli, Stefano (University Vita-Salute (Milà))
López-Bigas, Núria (Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats)
Pellegrini, Silvia (IRCCS San Raffaele Scientific Institute (Milà, Itàlia))
Montanya, Eduard (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge)
Nacher Garcia, Montserrat (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge)
Falconi, Massimo (University Vita-Salute (Milà))
Layer, R. (University of Colorado Boulder)
Rovira, Meritxell (Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge)
González-Pérez, A. (Universitat Pompeu Fabra)
Piemonti, Lorenzo (IRCCS Ospedale San Raffaele (Milà, Itàlia))
Pasquali, Lorenzo (Universitat Pompeu Fabra)
Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Pediatria, Obstetrícia i Ginecologia i de Medicina Preventiva i Salut Pública

Date:	2024
Abstract:	Insulinomas are rare neuroendocrine tumors arising from pancreatic β cells, characterized by aberrant proliferation and altered insulin secretion, leading to glucose homeostasis failure. With the aim of uncovering the role of noncoding regulatory regions and their aberrations in the development of these tumors, we coupled epigenetic and transcriptome profiling with whole-genome sequencing. As a result, we unraveled somatic mutations associated with changes in regulatory functions. Critically, these regions impact insulin secretion, tumor development, and epigenetic modifying genes, including polycomb complex components. Chromatin remodeling is apparent in insulinoma-selective domains shared across patients, containing a specific set of regulatory sequences dominated by the SOX17 binding motif. Moreover, many of these regions are H3K27me3 repressed in β cells, suggesting that tumoral transition involves derepression of polycomb-targeted domains. Our work provides a compendium of aberrant cis-regulatory elements affecting the function and fate of β cells in their progression to insulinomas and a framework to identify coding and noncoding driver mutations.
Grants:	Agencia Estatal de Investigación SAF2017-86242-R Agencia Estatal de Investigación PID2020-117099RB-I00 Instituto de Salud Carlos III PI19/00246 Instituto de Salud Carlos III PI22/00334
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, i la comunicació pública de l'obra, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original. No es permet la creació d'obres derivades.
Language:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Subject:	Beta cell ; Cancer ; Diabetes ; Epigenetics ; Insulinoma ; Pancreas ; Regulatory genomics
Published in:	Cell Genomics, Vol. 4 Núm. 8 (14 2024) , p. 100604, ISSN 2666-979X

DOI: 10.1016/j.xgen.2024.100604
PMID: 38959898

21 p, 6.1 MB

The record appears in these collections:
Research literature > UAB research groups literature > Research Centres and Groups (research output) > Health sciences and biosciences > Parc Taulí Research and Innovation Institute (I3PT
Articles > Research articles
Articles > Published articles