A3D Model Organism Database (A3D-MODB) : a database for proteome aggregation predictions in model organisms
Badaczewska-Dawid, Aleksandra E (Iowa State University)
Kuriata, Aleksander (University of Warsaw)
Pintado-Grima, Carlos (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")
Garcia-Pardo, Javier (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Burdukiewicz, Michał (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Iglesias, Valentin (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular)
Kmiecik, Sebastian (University of Warsaw)
Ventura, Salvador (Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí")

Data:	2024
Resum:	Protein aggregation has been associated with aging and different pathologies and represents a bottleneck in the industrial production of biotherapeutics. Numerous past studies performed in Escherichia coli and other model organisms have allowed to dissect the biophysical principles underlying this process. This knowledge fuelled the development of computational tools, such as Aggrescan 3D (A3D) to forecast and re-design protein aggregation. Here, we present the A3D Model Organism Database (A3D-MODB) , a comprehensive resource for the study of structural protein aggregation in the proteomes of 12 key model species spanning distant biological clades. In addition to A3D predictions, this resource incorporates information useful for contextualizing protein aggregation, including membrane protein topology and structural model confidence, as an indirect reporter of protein disorder. The database is openly accessible without any need for registration. We foresee A3D-MOBD evolving into a central hub for conducting comprehensive, multi-species analyses of protein aggregation, fostering the development of protein-based solutions for medical, biotechnological, agricultural and industrial applications.
Ajuts:	European Commission 952334 Agencia Estatal de Investigación PID2019-105017RB-I00 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2023/FI_3-00018
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, sempre que no sigui amb finalitats comercials, i sempre que es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicat a:	Nucleic acids research, Vol. 52, Num. D1 (January 2024) , p. D360-D367, ISSN 1362-4962

DOI: 10.1093/nar/gkad942
PMID: 37897355

8 p, 1.1 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències de la salut i biociències > Institut de Biotecnologia i de Biomedicina (IBB)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats