quaqc : efficient and quick ATAC-seq quality control and filtering
Tremblay, Benjamin Jean-Marie (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Qüesta, Julia I. (Centre de Recerca en Agrigenòmica)

Date:	2024
Abstract:	"quaqc" allows for ATAC-seq-specific quality control and read filtering of NGS data with minimal processing time and extremely low memory overhead. An efficient scaling implementation allows for a wide range of use cases, from processing individual samples processed on personal laptops to handling thousands of samples processed in parallel on compute clusters. The helper R package "quaqcr" allows for interactive program execution and exploration of results.
Grants:	"la Caixa" Foundation 100010434 Agencia Estatal de Investigación PID2019-110510GA-I00 Agencia Estatal de Investigación EUR2021-122003 Agencia Estatal de Investigación CNS2023-145632 Agencia Estatal de Investigación CEX2019-000902-S Agencia Estatal de Investigación RYC2021-032539-I Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2021/SGR-00873 Agencia Estatal de Investigación PRE2019-090156
Rights:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Language:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Published in:	Bioinformatics, Vol. 40, Issue 11 (November 2024) , art. btae649, ISSN 1367-4811

DOI: 10.1093/bioinformatics/btae649
PMID: 39475432

4 p, 944.3 KB

The record appears in these collections:
Research literature > UAB research groups literature > Research Centres and Groups (research output) > Experimental sciences > CRAG (Centre for Research in Agricultural Genomics)
Articles > Research articles
Articles > Published articles