De novo genome assembly, inversion detection, and worldwide adaptation on the invasive species Styela plicata
Galià Camps, Carles (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística)
Schell, Tilman (Senckenberg Forschungsinstitut und Naturmuseum)
Pegueroles Queralt, Maria Cinta (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Genètica i de Microbiologia)
Baranski, Damian (Senckenberg Forschungsinstitut und Naturmuseum)
Ben Hamadou, Alexander (Senckenberg Forschungsinstitut und Naturmuseum)
Horaud, Mathilde (University of Norway)
Antich, Adrià (Centre d'Estudis Avançats de Blanes)
Turon, Xavier (Centre d'Estudis Avançats de Blanes)
Pascual, Marta (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística)
Greve, Carola (Senckenberg Forschungsinstitut und Naturmuseum)
Carreras, Carles (Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística)
Universitat Autònoma de Barcelona. Institut de Biotecnologia i de Biomedicina "Vicent Villar Palasí"

Fecha:	2025
Resumen:	Biological invasions are a major threat to biodiversity. However, genomic resources of invasive species are scarce, compromising the study of their invasive success and our ability to mitigate their effects. Here, we assemble and annotate the reference chromosome-level genome of the invasive ascidian Styela plicata, and complement it with whole genome sequencing data from 24 individuals worldwide. We developed and validated the novel method "individual Detection of linkage by Genotyping" (iDlG), that allowed identifying four large chromosomal inversions and assigning karyotypes at the individual level. The four inversions are polymorphic throughout the species' distribution range and are enriched with genes that potentially influence fitness in estuarine and harbor environments, where Styela plicata thrives. It was only after we removed the inversions that we could detect clear population structuring, both between and within oceans, driven by several candidate adaptive genes involved in osmoregulation and other functions. Moreover, we recovered three major mitogenomic lineages, two of them globally sympatric and one specific to a single population. Interestingly, mitochondrial lineages show associations with nuclear genes likely involved in correct mitochondrion distribution during cell division. Our study highlights the importance of generating annotated reference genomes and combining them with whole genome sequencing data across whole distribution ranges to identify species' structural and sequence variation for understanding complex evolutionary processes.
Ayudas:	Agencia Estatal de Investigación PID2020-118550RB Agencia Estatal de Investigación PID2023-146307OB Agencia Estatal de Investigación PRE-2018-085227 Generalitat de Catalunya 2021/SGR-01271 Generalitat de Catalunya 2021/SGR-00405
Derechos:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Lengua:	Anglès
Documento:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicado en:	Scientific reports, Vol. 15 (November 2025) , art. 40328, ISSN 2045-2322

DOI: 10.1038/s41598-025-24574-8
PMID: 41254123

18 p, 5.6 MB

El registro aparece en las colecciones:
Documentos de investigación > Documentos de los grupos de investigación de la UAB > Centros y grupos de investigación (producción científica) > Ciencias de la salud y biociencias > Instituto de Biotecnología y de Biomedicina (IBB)
Artículos > Artículos de investigación
Artículos > Artículos publicados